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芳芳208

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果使用MAGA5比对后有很多空白,不知何原因,请高手指导!

如题,如图,别人的测序结果比对后未出现该问题,貌似这样也不影响后续建树,但不知何原因,请遇到过该问题的童鞋分析指导下!

未命名.jpg
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哼哼哈嘿,快使用双截棍!
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芳芳208

铜虫 (小有名气)

还有测序结果中竟然出现了N、B,这个需要怎样处理呢?
哼哼哈嘿,快使用双截棍!
2楼2012-11-19 10:02:12
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-19 13:55:43
这个是本身测序的问题,不是软件比对的问题,当中有条序列,多了个T,多了个CC,不想有空白的话可以把这条去掉,余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读,你具体的可以自己看下峰形图。
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2012-11-19 10:30:35
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芳芳208

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 10:30:35
这个是本身测序的问题,不是软件比对的问题,当中有条序列,多了个T,多了个CC,不想有空白的话可以把这条去掉,余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读,你具体的可以自己看下峰形图。

非常感谢指导!可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的,而是我数据库比对之后数据库中提供的序列,还可以删掉吗?
哼哼哈嘿,快使用双截棍!
4楼2012-11-19 20:15:13
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gyesang

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 20:15:13
非常感谢指导!可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的,而是我数据库比对之后数据库中提供的序列,还可以删掉吗?...

你的意思,多的那个是你的标准序列,数据库里面的也不一定是对的,你测序了那么多都少碱基,要验证的话,可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录,克隆你的目的基因,进行测序
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2012-11-19 20:59:52
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芳芳208

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 20:59:52
你的意思,多的那个是你的标准序列,数据库里面的也不一定是对的,你测序了那么多都少碱基,要验证的话,可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录,克隆你的目的基因,进行测序...

哦,有点复杂了,那我再摸索下,大体明白该怎样做了,谢谢!
哼哼哈嘿,快使用双截棍!
6楼2012-11-19 22:07:40
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gyesang

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【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 22:07:40
哦,有点复杂了,那我再摸索下,大体明白该怎样做了,谢谢!...

不客气,相互交流嘛!
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2012-11-20 10:44:03
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