应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果使用MAGA5比对后有很多空白，不知何原因，请高手指导！
71/1返回列表
查看: 1614  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

芳芳208

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果使用MAGA5比对后有很多空白，不知何原因，请高手指导！

如题，如图，别人的测序结果比对后未出现该问题，貌似这样也不影响后续建树，但不知何原因，请遇到过该问题的童鞋分析指导下！

未命名.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢
哼哼哈嘿，快使用双截棍！
1楼 2012-11-19 10:00:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

芳芳208

铜虫 (小有名气)
还有测序结果中竟然出现了N、B，这个需要怎样处理呢？
赞一下 回复此楼
哼哼哈嘿，快使用双截棍！
2楼2012-11-19 10:02:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-19 13:55:43
这个是本身测序的问题，不是软件比对的问题，当中有条序列，多了个T，多了个CC，不想有空白的话可以把这条去掉，余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读，你具体的可以自己看下峰形图。
赞一下 回复此楼
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2012-11-19 10:30:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

芳芳208

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 10:30:35
这个是本身测序的问题，不是软件比对的问题，当中有条序列，多了个T，多了个CC，不想有空白的话可以把这条去掉，余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读，你具体的可以自己看下峰形图。

非常感谢指导！可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的，而是我数据库比对之后数据库中提供的序列，还可以删掉吗？
赞一下 回复此楼
哼哼哈嘿，快使用双截棍！
4楼2012-11-19 20:15:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 20:15:13
非常感谢指导！可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的，而是我数据库比对之后数据库中提供的序列，还可以删掉吗？...

你的意思，多的那个是你的标准序列，数据库里面的也不一定是对的，你测序了那么多都少碱基，要验证的话，可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录，克隆你的目的基因，进行测序
赞一下(1人) 回复此楼
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2012-11-19 20:59:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

芳芳208

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 20:59:52
你的意思，多的那个是你的标准序列，数据库里面的也不一定是对的，你测序了那么多都少碱基，要验证的话，可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录，克隆你的目的基因，进行测序...

哦，有点复杂了，那我再摸索下，大体明白该怎样做了，谢谢！
赞一下 回复此楼
哼哼哈嘿，快使用双截棍！
6楼2012-11-19 22:07:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 22:07:40
哦，有点复杂了，那我再摸索下，大体明白该怎样做了，谢谢！...

不客气，相互交流嘛！
赞一下 回复此楼
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2012-11-20 10:44:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 芳芳208 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-05 22:46 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 15/750 2026-11-05 22:44 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 13/650 2026-11-05 22:44 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 11/550 2026-11-05 22:35 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 10/500 2026-11-05 22:33 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-05 22:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 3/150 2026-11-05 21:05 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-05 20:54 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-05 20:54 by qL1cU46YIdK0
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-05 20:45 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 7/350 2026-11-05 20:43 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-05 20:43 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 8/400 2026-11-05 20:23 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 11/550 2026-11-05 20:21 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-05 20:21 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 9/450 2026-11-05 20:10 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 6/300 2026-11-05 18:00 by My20PsvIExYO
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-05 17:58 by My20PsvIExYO
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 9/450 2026-11-05 17:26 by My20PsvIExYO
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-05 11:10 by PYZmcHr5kSaq
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭