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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 测序结果使用MAGA5比对后有很多空白，不知何原因，请高手指导！
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芳芳208

铜虫 (小有名气)

[求助] 测序结果使用MAGA5比对后有很多空白，不知何原因，请高手指导！

如题，如图，别人的测序结果比对后未出现该问题，貌似这样也不影响后续建树，但不知何原因，请遇到过该问题的童鞋分析指导下！

未命名.jpg
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哼哼哈嘿，快使用双截棍！
1楼 2012-11-19 10:00:21
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芳芳208

铜虫 (小有名气)
还有测序结果中竟然出现了N、B，这个需要怎样处理呢？
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哼哼哈嘿，快使用双截棍！
2楼2012-11-19 10:02:12
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gyesang

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-19 13:55:43
这个是本身测序的问题，不是软件比对的问题，当中有条序列，多了个T，多了个CC，不想有空白的话可以把这条去掉，余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读，你具体的可以自己看下峰形图。
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3楼2012-11-19 10:30:35
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芳芳208

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 10:30:35
这个是本身测序的问题，不是软件比对的问题，当中有条序列，多了个T，多了个CC，不想有空白的话可以把这条去掉，余下的序列在比对。

N表示测序时对那个位点的碱基无法判读，你具体的可以自己看下峰形图。

非常感谢指导！可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的，而是我数据库比对之后数据库中提供的序列，还可以删掉吗？
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哼哼哈嘿，快使用双截棍！
4楼2012-11-19 20:15:13
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gyesang

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引用回帖:
4楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 20:15:13
非常感谢指导！可是下面的那条多了几个碱基的序列不是测序得到的，而是我数据库比对之后数据库中提供的序列，还可以删掉吗？...

你的意思，多的那个是你的标准序列，数据库里面的也不一定是对的，你测序了那么多都少碱基，要验证的话，可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录，克隆你的目的基因，进行测序
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5楼2012-11-19 20:59:52
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芳芳208

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gyesang at 2012-11-19 20:59:52
你的意思，多的那个是你的标准序列，数据库里面的也不一定是对的，你测序了那么多都少碱基，要验证的话，可以从不同细胞分别提取RNA然后逆转录，克隆你的目的基因，进行测序...

哦，有点复杂了，那我再摸索下，大体明白该怎样做了，谢谢！
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哼哼哈嘿，快使用双截棍！
6楼2012-11-19 22:07:40
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gyesang

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【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 芳芳208 at 2012-11-19 22:07:40
哦，有点复杂了，那我再摸索下，大体明白该怎样做了，谢谢！...

不客气，相互交流嘛！
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
7楼2012-11-20 10:44:03
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