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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？
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longwei1221

铁虫 (小有名气)

[求助] packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？

看到文献中有说使用MD程序dl_poly来计算扩散系数，然后dl_poly是用packmol来提供初始结构的，于是把这两个开源的软件都下载并且编译好了。也都能使用程序提供的输入文件进行运行，可是我现在不清楚的是，如何把packmol得到的结果给dl_poly使用。packmol是得到一个pdb文件，可是我看到了dl_poly的输入文件格式与它都不一样啊，而且dl_poly中用到几个输入文件，该修改哪一个呢？望高人能给予指点。
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愿得一人心，白首不相离
1楼 2012-11-18 15:42:22
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
longwei1221: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-19 09:36:23
packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。
从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。
第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者dl2xyz 写一个xyz2dlp的小程序。两种方法各有利弊，你自己权衡吧
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2楼2012-11-19 08:59:13
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-19 08:59:13
packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。
从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。
第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者d ...

我想问一下，要计算扩散系数的时候，是要输出MSDTMP文件吧？manual里面说这个需要msdtmp这个命令，可是我添加上是；
msdtmp     1000  10（按照说明书添加的）
后，却没有得到这个文件，因为我需要计算扩散系数，是要均方位移来对时间求导除以6的啊？你知道怎么做吗？
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愿得一人心，白首不相离
3楼2012-11-20 20:36:52
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-21 14:12:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by longwei1221 at 2012-11-20 20:36:52
我想问一下，要计算扩散系数的时候，是要输出MSDTMP文件吧？manual里面说这个需要msdtmp这个命令，可是我添加上是；
msdtmp     1000  10（按照说明书添加的）
后，却没有得到这个文件，因为我需要计算扩散系数， ...

这个我一般是使用HISTORY自己分析的，utility中有相关的小程序。vmd也可可以分析msd，好像dlpoly自带的GUI也可以分析，我没怎么用过，记不清楚了。
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4楼2012-11-21 12:19:00
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-21 12:19:00
这个我一般是使用HISTORY自己分析的，utility中有相关的小程序。vmd也可可以分析msd，好像dlpoly自带的GUI也可以分析，我没怎么用过，记不清楚了。...

可是要分析MSD总需要一个输出文件吧？你是针对哪个输出文件进行分析的啊？OUTPUT吗？还是其他文件？必须的输出文件只有三个，其他两个好像没有什么数据，只有几k，只有OUTPUT有几百K
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愿得一人心，白首不相离
5楼2012-11-21 13:04:29
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-11-21 20:18:41
引用回帖:
5楼: Originally posted by longwei1221 at 2012-11-21 13:04:29
可是要分析MSD总需要一个输出文件吧？你是针对哪个输出文件进行分析的啊？OUTPUT吗？还是其他文件？必须的输出文件只有三个，其他两个好像没有什么数据，只有几k，只有OUTPUT有几百K...

是用HISTORY文件分析，具体你看一下手册
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6楼2012-11-21 18:22:48
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-21 18:22:48
是用HISTORY文件分析，具体你看一下手册...

我按照手册在输入，那个history文件需要在CONTROL文件中添加rdf和replay相关命令，可是我添加后运行结果出错，看了错误是585，还算没有说具体怎么解决，估计是参数之间有不自洽的地方，但目前无法找到，请问你能否发一个CONTRON/FIELD/CONFIG给我吗？能够输出HISTORY文件的？我是在下载的test上修改到，没有关于计算均方自由程的例子。
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愿得一人心，白首不相离
7楼2012-11-21 19:26:58
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-11-21 23:34:15
内容已删除
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8楼2012-11-21 20:38:26
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longwei1221

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-21 20:38:26
你再好好看看手册，计算HISTORY应该只要traj 关键字，rdf和replay应该不需要...

我添加了trajectory的，可是没有HISTORY这个文件。这是我的输入文件，当然有报错，可是我一个一个去掉命令到可以正常运行的时候，还是没有HISTORY文件。麻烦你帮忙看看是这么好回事好吗？


SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS)

temperature 500.0
equilibration steps 2000
steps 8000
timestep 0.001
#scale 5

cutoff 12.0
rvdw 12.0
ewald precision 1d-6

#ensemble nvt hoover 0.02
ensemble nvt berendsen 0.01

print every 10
stats every 10
collect

job time 19999990
close time 20000

binsize 0.05 Angstroms
rdf 7 steps
print rdf
zden 7 steps
print zden


replay
trajectory 2000 30 0
finish
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愿得一人心，白首不相离
9楼2012-11-22 15:07:01
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Darlingjack

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-19 08:59:13
packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。
从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。
第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者d ...

师兄您好，我先用MS建了两个小分子的结构，保存为.pdb文件，然后用DL_POLY生成了所需要的混合物的.pdb文件，但是用GUI加载的时候总是出错，提示为java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String index out of range: 79
Problem reading PDB file
我尝试用MS打开混合物的.pdb文件，也提示出错，提示参数错误
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10楼2014-12-22 10:45:12
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