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longwei1221铁虫 (小有名气)
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packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？
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| 看到文献中有说使用MD程序dl_poly来计算扩散系数，然后dl_poly是用packmol来提供初始结构的，于是把这两个开源的软件都下载并且编译好了。也都能使用程序提供的输入文件进行运行，可是我现在不清楚的是，如何把packmol得到的结果给dl_poly使用。packmol是得到一个pdb文件，可是我看到了dl_poly的输入文件格式与它都不一样啊，而且dl_poly中用到几个输入文件，该修改哪一个呢？望高人能给予指点。 |
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longwei1221
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我添加了trajectory的，可是没有HISTORY这个文件。这是我的输入文件，当然有报错，可是我一个一个去掉命令到可以正常运行的时候，还是没有HISTORY文件。麻烦你帮忙看看是这么好回事好吗？ SODIUM CHLORIDE WITH (27000 IONS) temperature 500.0 equilibration steps 2000 steps 8000 timestep 0.001 #scale 5 cutoff 12.0 rvdw 12.0 ewald precision 1d-6 #ensemble nvt hoover 0.02 ensemble nvt berendsen 0.01 print every 10 stats every 10 collect job time 19999990 close time 20000 binsize 0.05 Angstroms rdf 7 steps print rdf zden 7 steps print zden replay trajectory 2000 30 0 finish |
9楼2012-11-22 15:07:01
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packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。 第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者dl2xyz 写一个xyz2dlp的小程序。两种方法各有利弊，你自己权衡吧 |
2楼2012-11-19 08:59:13
longwei1221
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3楼2012-11-20 20:36:52
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4楼2012-11-21 12:19:00