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longwei1221铁虫 (小有名气)
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packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？
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| 看到文献中有说使用MD程序dl_poly来计算扩散系数，然后dl_poly是用packmol来提供初始结构的，于是把这两个开源的软件都下载并且编译好了。也都能使用程序提供的输入文件进行运行，可是我现在不清楚的是，如何把packmol得到的结果给dl_poly使用。packmol是得到一个pdb文件，可是我看到了dl_poly的输入文件格式与它都不一样啊，而且dl_poly中用到几个输入文件，该修改哪一个呢？望高人能给予指点。 |
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longwei1221
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3楼2012-11-20 20:36:52
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【答案】应助回帖
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longwei1221: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-19 09:33:40
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longwei1221: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-19 09:36:23
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packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。 第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者dl2xyz 写一个xyz2dlp的小程序。两种方法各有利弊，你自己权衡吧 |
2楼2012-11-19 08:59:13
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4楼2012-11-21 12:19:00
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5楼2012-11-21 13:04:29