| 查看: 2155 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
longwei1221铁虫 (小有名气)
|
[求助]
packmol如何构建初始结构供dl_poly使用？
|
|
| 看到文献中有说使用MD程序dl_poly来计算扩散系数，然后dl_poly是用packmol来提供初始结构的，于是把这两个开源的软件都下载并且编译好了。也都能使用程序提供的输入文件进行运行，可是我现在不清楚的是，如何把packmol得到的结果给dl_poly使用。packmol是得到一个pdb文件，可是我看到了dl_poly的输入文件格式与它都不一样啊，而且dl_poly中用到几个输入文件，该修改哪一个呢？望高人能给予指点。 |
回复此楼» 猜你喜欢
又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗
已经有7人回复
-
国自然面上和省基金B类撒花
已经有18人回复
-
有没有学校收留
已经有3人回复
-
312求调剂
已经有3人回复
-
华师大读博
已经有5人回复
-
急需审稿人！！！
已经有3人回复
-
申博/考博
已经有8人回复
-
295分求调剂
已经有6人回复
-
085600材料与化工调剂
已经有6人回复
-
有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业
已经有7人回复
longwei1221
铁虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 116.8
- 散金: 128
- 红花: 20
- 帖子: 191
- 在线: 81.7小时
- 虫号: 1439584
- 注册: 2011-10-12
- 性别: GG
- 专业: 核技术及其应用
5楼2012-11-21 13:04:29
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
longwei1221: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-19 09:36:23
感谢参与，应助指数 +1
longwei1221: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢！ 2012-11-19 09:33:40
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-19 09:36:23
|
packmol 可以生成xyz和pdb的文件，我一般用xyz。 从xyz或者pdb到dlpoly的输入文件CONFIG 有两种方法可以做到：第一是使用DLPOLY的GUI，里面可以导入这两种类型的文件。 第二是仿照utility文件夹中的dlpxyz.f或者dl2xyz 写一个xyz2dlp的小程序。两种方法各有利弊，你自己权衡吧 |
2楼2012-11-19 08:59:13
longwei1221
铁虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 116.8
- 散金: 128
- 红花: 20
- 帖子: 191
- 在线: 81.7小时
- 虫号: 1439584
- 注册: 2011-10-12
- 性别: GG
- 专业: 核技术及其应用
3楼2012-11-20 20:36:52
043114076
木虫 (正式写手)
- 应助: 49 (小学生)
- 金币: 3364.9
- 散金: 52
- 红花: 23
- 帖子: 788
- 在线: 369.5小时
- 虫号: 570592
- 注册: 2008-06-07
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
4楼2012-11-21 12:19:00
5