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怎样选择已知基因的miRNA?
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| 各位前辈，我想设计一条mirna同时让两个基因都沉默，是不是要针对两个基因的同源区域进行设计？要找两条序列的同源区域，是不是用nucleotide blast，然后选择Align two or more sequences输入两天序列比对即可？还有，我用wmd3设计了已知基因的miRNA,可是软件给了很多结果，如何从众多结果中挑选较好的mirna序列呢？因为是新手，所以又好的问题，希望各位能帮忙，在此先谢谢啦~~~ |
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| amiRNA设计是该技术的第一步，也是成功与否的关键步骤（Warthmann等，2008）。一个优化的amiRNA在序列上通常要满足以下条件：（1）第1位碱基通常是U；（2）第10位碱基通常是A，这是由RISC复合体中核酸内切酶内在作用特点决定的（Schwab等，2006）；（3）5′端保持不稳定性，即5′端AU含量最好要高一些。研究发现小RNA 5′端的不稳定性是小RNA高效作用的主要原因，同时只有这样的小干扰RNA才能有效地整合入RISC；（4）第2位与第12位碱基之间最多只能有1个错配碱基，该错配碱基不能位于切割位点上，即不要出现在第10和第11位碱基上（Lin等，2009）；（5）在第13位和第21位碱基之间最多只能出现4个错配碱基，并且不要连续出现2个或2个以上的错配碱基（Ameres等，2007；Schwab等，2005）；（6）尽可能在全基因组范围内考虑amiRNA和mRNA的关系，减少amiRNA作用的非特异性；（7）针对外源病毒基因的amiRNA与病毒基因序列可以完全互补配对，能有效提高沉默效应。这些设计原则被总结并公布在网站（http://wmd.weigelworld.org/cgi-bin/mirnatools.pl）上 |
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