| 查看: 1223 | 回复: 5 | |||
[求助]
怎样选择已知基因的miRNA?
|
| 各位前辈，我想设计一条mirna同时让两个基因都沉默，是不是要针对两个基因的同源区域进行设计？要找两条序列的同源区域，是不是用nucleotide blast，然后选择Align two or more sequences输入两天序列比对即可？还有，我用wmd3设计了已知基因的miRNA,可是软件给了很多结果，如何从众多结果中挑选较好的mirna序列呢？因为是新手，所以又好的问题，希望各位能帮忙，在此先谢谢啦~~~ |
回复此楼» 猜你喜欢
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有284人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有3人回复
-
广西民族大学化学化工学院化学工程与技术学硕，材料化工专硕调剂名额充足！
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 【专题】基因克隆知识问答及FAQ
已经有0人回复
blackrose8089
铁杆木虫 (职业作家)
- MolEPI: 16
- 应助: 100 (初中生)
- 贵宾: 0.11
- 金币: 10641.1
- 散金: 155
- 红花: 30
- 沙发: 6
- 帖子: 3704
- 在线: 790.8小时
- 虫号: 614948
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 植物学研究的新技术、新方
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小可123: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-18 20:50:14
小丹木木: 金币+4, 鼓励应助 2012-11-19 13:56:46
感谢参与，应助指数 +1
小可123: 金币+2, ★★★很有帮助 2012-11-18 20:50:14
小丹木木: 金币+4, 鼓励应助 2012-11-19 13:56:46
| amiRNA设计是该技术的第一步，也是成功与否的关键步骤（Warthmann等，2008）。一个优化的amiRNA在序列上通常要满足以下条件：（1）第1位碱基通常是U；（2）第10位碱基通常是A，这是由RISC复合体中核酸内切酶内在作用特点决定的（Schwab等，2006）；（3）5′端保持不稳定性，即5′端AU含量最好要高一些。研究发现小RNA 5′端的不稳定性是小RNA高效作用的主要原因，同时只有这样的小干扰RNA才能有效地整合入RISC；（4）第2位与第12位碱基之间最多只能有1个错配碱基，该错配碱基不能位于切割位点上，即不要出现在第10和第11位碱基上（Lin等，2009）；（5）在第13位和第21位碱基之间最多只能出现4个错配碱基，并且不要连续出现2个或2个以上的错配碱基（Ameres等，2007；Schwab等，2005）；（6）尽可能在全基因组范围内考虑amiRNA和mRNA的关系，减少amiRNA作用的非特异性；（7）针对外源病毒基因的amiRNA与病毒基因序列可以完全互补配对，能有效提高沉默效应。这些设计原则被总结并公布在网站（http://wmd.weigelworld.org/cgi-bin/mirnatools.pl）上 |
2楼2012-11-16 07:49:39
blackrose8089
铁杆木虫 (职业作家)
- MolEPI: 16
- 应助: 100 (初中生)
- 贵宾: 0.11
- 金币: 10641.1
- 散金: 155
- 红花: 30
- 沙发: 6
- 帖子: 3704
- 在线: 790.8小时
- 虫号: 614948
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 植物学研究的新技术、新方
3楼2012-11-16 07:50:32
4楼2012-11-18 20:49:58
blackrose8089
铁杆木虫 (职业作家)
- MolEPI: 16
- 应助: 100 (初中生)
- 贵宾: 0.11
- 金币: 10641.1
- 散金: 155
- 红花: 30
- 沙发: 6
- 帖子: 3704
- 在线: 790.8小时
- 虫号: 614948
- 注册: 2008-09-28
- 专业: 植物学研究的新技术、新方
5楼2012-11-19 10:54:30
tsintsiao
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 130
- 帖子: 7
- 在线: 3.3小时
- 虫号: 1178619
- 注册: 2010-12-27
- 性别: MM
- 专业: biotechnology and molecu
6楼2017-07-20 20:27:27
20