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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


[交流] 如何转换phased genotype data?

我有些SNPs的数据,运用软件转换成了0,1,2 coding形式进行phasing.
0 表示 AA
1表示 AC
2表示CC  
但不一定。

可是phasing 软件又把结果转换成了0.1, 9(表示missing data),不知道有哪位有类似经历,有什么建议不? 我希望,最好能把0,1转回去ATCG。
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)


PLINK在转换的过程中,会把相应的SNP major allele信息保留,根据这个信息,序列就可以被转换了。

但是通过我写的程序,这个转换结果,每一个人的序列长度不一样,不知道各位有何高见么?(理论上应该一样,因为phasing的结果,大家的SNP序列长度一致)
2楼2012-11-27 23:22:58
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