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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)

[交流] 如何转换phased genotype data？

我有些SNPs的数据，运用软件转换成了0，1，2 coding形式进行phasing.
0 表示 AA
1表示 AC
2表示CC  
但不一定。

可是phasing 软件又把结果转换成了0.1， 9（表示missing data），不知道有哪位有类似经历，有什么建议不？ 我希望，最好能把0，1转回去ATCG。
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1楼 2012-11-12 22:05:10
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淡蓝幽香

新虫 (初入文坛)
PLINK在转换的过程中，会把相应的SNP major allele信息保留，根据这个信息，序列就可以被转换了。

但是通过我写的程序，这个转换结果，每一个人的序列长度不一样，不知道各位有何高见么？（理论上应该一样，因为phasing的结果，大家的SNP序列长度一致）
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2楼2012-11-27 23:22:58
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