24小时热门版块排行榜    

查看: 1209  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

看天

木虫 (知名作家)


[交流] 被比对序列的AAAAAAA被自动改成了NNNNNNN是为什么?

KEGG中被比对序列的AAAAAAA被自动改成了NNNNNNN是为什么?在NCBI中即使没被改变6个A也变成了灰色的,这表示序列有疑问吗?

KEGG比对.jpg



NCBI比对.jpg

[ Last edited by 看天 on 2012-11-10 at 00:13 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NCBI 基因结构

» 猜你喜欢

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
看天(金币+1): 谢谢参与
看天: 金币+4, 谢谢 2012-11-10 11:25:30
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-10 15:39:07
KEGG中A为什么改成N,这个不清楚。但是NCBI中大写的变为灰色小写是因为这段序列是低复杂区,因为在序列比对时,低复杂区的比对结果容易出现比对错误,如连续的同种碱基,或连续规律性碱基组合,所以NCBI就将该区域用灰色小写标出以提示该区比对结果可能有误,对于你的序列不用管这个。
4楼2012-11-10 09:50:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

494750284

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
看天(金币+1): 谢谢参与
看天: 金币+2, 鼓励一下啊 2012-11-10 13:29:22
我认为N代表A\T\G\C四种碱基。在此处意味着没测到此序列。建议问问测序公司里的人
3楼2012-11-10 08:24:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

看天

木虫 (知名作家)


那应该是序列不够可信吧
5楼2012-11-10 13:29:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongqifei

木虫 (小有名气)



看天(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-11-10 09:50:43
KEGG中A为什么改成N,这个不清楚。但是NCBI中大写的变为灰色小写是因为这段序列是低复杂区,因为在序列比对时,低复杂区的比对结果容易出现比对错误,如连续的同种碱基,或连续规律性碱基组合,所以NCBI就将该区域用 ...

学习了。
6楼2012-11-10 13:36:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 奇怪,两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +3 yuleib84 2026-08-11 3/150 2026-08-11 21:53 by jnhyjjm
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[硕博家园] 读博的好处 +3 lnee 2026-08-11 3/150 2026-08-11 18:10 by 希望我好好的
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +3 布布和一二 2026-08-11 4/200 2026-08-11 15:20 by aasahr
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 基金中了 +15 laoda193707 2026-08-06 15/750 2026-08-11 00:11 by jiafei2190
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +5 yang182083 2026-08-06 7/350 2026-08-08 18:29 by zhanghaozhu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
信息提示
请填处理意见