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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 被比对序列的AAAAAAA被自动改成了NNNNNNN是为什么？
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看天

木虫 (知名作家)

[交流] 被比对序列的AAAAAAA被自动改成了NNNNNNN是为什么？

KEGG中被比对序列的AAAAAAA被自动改成了NNNNNNN是为什么？在NCBI中即使没被改变6个A也变成了灰色的，这表示序列有疑问吗？

KEGG比对.jpg



NCBI比对.jpg

[ Last edited by 看天 on 2012-11-10 at 00:13 ]
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1楼 2012-11-10 00:12:25
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494750284

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
看天(金币+1): 谢谢参与
看天: 金币+2, 鼓励一下啊 2012-11-10 13:29:22
我认为N代表A\T\G\C四种碱基。在此处意味着没测到此序列。建议问问测序公司里的人
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-10 08:24:25
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
看天(金币+1): 谢谢参与
看天: 金币+4, 谢谢 2012-11-10 11:25:30
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-10 15:39:07
KEGG中A为什么改成N，这个不清楚。但是NCBI中大写的变为灰色小写是因为这段序列是低复杂区，因为在序列比对时，低复杂区的比对结果容易出现比对错误，如连续的同种碱基，或连续规律性碱基组合，所以NCBI就将该区域用灰色小写标出以提示该区比对结果可能有误，对于你的序列不用管这个。
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4楼2012-11-10 09:50:43
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看天

木虫 (知名作家)
那应该是序列不够可信吧
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5楼2012-11-10 13:29:53
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hongqifei

木虫 (小有名气)
★
看天(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4楼: Originally posted by stone2239 at 2012-11-10 09:50:43
KEGG中A为什么改成N，这个不清楚。但是NCBI中大写的变为灰色小写是因为这段序列是低复杂区，因为在序列比对时，低复杂区的比对结果容易出现比对错误，如连续的同种碱基，或连续规律性碱基组合，所以NCBI就将该区域用 ...

学习了。
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6楼2012-11-10 13:36:52
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gaoyang636

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
看天: 金币+2, 不是本身就是这样的序列 就直接对比吧 为什么需要MASK 2012-11-10 17:34:17
一般进行该分析，都要先把序列处理一下，简单重复序列要被Mask掉，这里就是mask了～目的是：尽量减少重复序列对结果的影响，也就是忽视之
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7楼2012-11-10 14:45:50
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看天

木虫 (知名作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by gaoyang636 at 2012-11-10 14:45:50
一般进行该分析，都要先把序列处理一下，简单重复序列要被Mask掉，这里就是mask了～目的是：尽量减少重复序列对结果的影响，也就是忽视之

不是本身就是这样的序列 就直接对比吧 为什么需要MASK
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-10 17:34:22
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goingabroad2楼
2012-11-10 00:27   回复  
看天(金币+1): 谢谢参与
chchqq9楼
2012-11-18 09:16   回复  
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