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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 羧基的加氢问题！
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qingyu906

木虫 (著名写手)

[求助] 羧基的加氢问题！

结构中有一未配位的羧基，C-O键长分别为1.206和1.294，其中1.294的O上应该是有H的吧，这个O还跟另一配体上的吡啶N形成很强的氢键（2.59）。但奇怪的是没加氢checkcif也没报错，请问这种情况怎么处理呢？在Q峰里再找出来加上吗？
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1楼 2012-11-08 17:05:06
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liuxiaocunde: 金币+1, 感谢交流 2012-11-10 20:18:57
qingyu906: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-16 17:22:35
当然该加，结构精修的目的就是将电子云尽可能的解释清楚。
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What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
4楼2012-11-09 09:57:47
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-11-09 08:08:36
wingx里有专门的羟基加氢方式，代码是83。
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What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
2楼2012-11-09 01:04:51
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qingyu906

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxtal at 2012-11-09 01:04:51
wingx里有专门的羟基加氢方式，代码是83。

毕业后基本没有晶体类的软件了，请问这种情况应该加氢吗？
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3楼2012-11-09 09:29:54
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sgm060512

木虫 (正式写手)
你要看看电荷是否平衡，如果平衡了说明羧基去质子化了，如果整体带负一价电荷，则加上，加氢用软件残峰加氢，再固定。
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5楼2012-11-10 11:01:56
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