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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 羧基的加氢问题！
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qingyu906

木虫 (著名写手)

[求助] 羧基的加氢问题！

结构中有一未配位的羧基，C-O键长分别为1.206和1.294，其中1.294的O上应该是有H的吧，这个O还跟另一配体上的吡啶N形成很强的氢键（2.59）。但奇怪的是没加氢checkcif也没报错，请问这种情况怎么处理呢？在Q峰里再找出来加上吗？
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1楼 2012-11-08 17:05:06
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流，欢迎常来晶体板块 2012-11-09 08:08:36
wingx里有专门的羟基加氢方式，代码是83。
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What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
2楼2012-11-09 01:04:51
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qingyu906

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxtal at 2012-11-09 01:04:51
wingx里有专门的羟基加氢方式，代码是83。

毕业后基本没有晶体类的软件了，请问这种情况应该加氢吗？
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3楼2012-11-09 09:29:54
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liuxiaocunde: 金币+1, 感谢交流 2012-11-10 20:18:57
qingyu906: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-16 17:22:35
当然该加，结构精修的目的就是将电子云尽可能的解释清楚。
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What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
4楼2012-11-09 09:57:47
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sgm060512

木虫 (正式写手)
你要看看电荷是否平衡，如果平衡了说明羧基去质子化了，如果整体带负一价电荷，则加上，加氢用软件残峰加氢，再固定。
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5楼2012-11-10 11:01:56
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sgm060512

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
lijunjie84: 金币+3, 代楼主发BB，感谢帮助！ 2012-11-16 17:54:35
还有就是，电荷未平衡，通过残峰看看是不是羧基上的质子跑到吡啶环上了。
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6楼2012-11-10 11:03:46
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湖心藏月

银虫 (小有名气)
感谢楼上
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binge
7楼2012-11-11 00:35:58
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qingyu906

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sgm060512 at 2012-11-10 11:03:46
还有就是，电荷未平衡，通过残峰看看是不是羧基上的质子跑到吡啶环上了。

多谢你的热心回复，我从Q峰里找出来固定上H了，还有个小问题想请教下，精修完如何产生cif啊，ins文件里加了acta 后，XCIF里不记得是敲几个回车还有输什么了，能否告知一下啊？
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8楼2012-11-12 21:59:02
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sgm060512

木虫 (正式写手)
敲回车到“[T]”,然后继续敲回车两次或三次（记不清了），见到"[ ]"这个标志，在这个后面输入名字（名字随便，比如“1”也可以），然后加.tex后缀名，然后再敲一下回车，接着输入def，然后一直敲回车，直到结束。
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9楼2012-11-14 09:46:06
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路人甲avery

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by luxtal at 2012-11-09 01:04:51
wingx里有专门的羟基加氢方式，代码是83。

您好，我的结构羟基加上氢，审稿人说M-O-H的角度小，只有68度，怎么办呢，谢谢你，求助
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10楼2014-09-28 09:57:42
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