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qingyu906

木虫 (著名写手)

[求助] 羧基的加氢问题!

结构中有一未配位的羧基,C-O键长分别为1.206和1.294,其中1.294的O上应该是有H的吧,这个O还跟另一配体上的吡啶N形成很强的氢键(2.59)。但奇怪的是没加氢checkcif也没报错,请问这种情况怎么处理呢?在Q峰里再找出来加上吗?
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流,欢迎常来晶体板块 2012-11-09 08:08:36
wingx里有专门的羟基加氢方式,代码是83。
What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
2楼2012-11-09 01:04:51
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qingyu906

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by luxtal at 2012-11-09 01:04:51
wingx里有专门的羟基加氢方式,代码是83。

毕业后基本没有晶体类的软件了,请问这种情况应该加氢吗?
3楼2012-11-09 09:29:54
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luxtal

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
liuxiaocunde: 金币+1, 感谢交流 2012-11-10 20:18:57
qingyu906: 金币+2, ★★★很有帮助, 谢谢 2012-11-16 17:22:35
当然该加,结构精修的目的就是将电子云尽可能的解释清楚。
What_we_observe_is_not_nature_itself,_but_nature_exposed_to_our_method_of_questioning----Werner_Karl_Heisenberg
4楼2012-11-09 09:57:47
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sgm060512

木虫 (正式写手)

你要看看电荷是否平衡,如果平衡了说明羧基去质子化了,如果整体带负一价电荷,则加上,加氢用软件残峰加氢,再固定。
5楼2012-11-10 11:01:56
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sgm060512

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
lijunjie84: 金币+3, 代楼主发BB,感谢帮助! 2012-11-16 17:54:35
还有就是,电荷未平衡,通过残峰看看是不是羧基上的质子跑到吡啶环上了。
6楼2012-11-10 11:03:46
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湖心藏月

银虫 (小有名气)

感谢楼上
binge
7楼2012-11-11 00:35:58
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qingyu906

木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sgm060512 at 2012-11-10 11:03:46
还有就是,电荷未平衡,通过残峰看看是不是羧基上的质子跑到吡啶环上了。

多谢你的热心回复,我从Q峰里找出来固定上H了,还有个小问题想请教下,精修完如何产生cif啊,ins文件里加了acta 后,XCIF里不记得是敲几个回车还有输什么了,能否告知一下啊?
8楼2012-11-12 21:59:02
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sgm060512

木虫 (正式写手)

敲回车到“[T]”,然后继续敲回车两次或三次(记不清了),见到"[ ]"这个标志,在这个后面输入名字(名字随便,比如“1”也可以),然后加.tex后缀名,然后再敲一下回车,接着输入def,然后一直敲回车,直到结束。
9楼2012-11-14 09:46:06
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路人甲avery

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by luxtal at 2012-11-09 01:04:51
wingx里有专门的羟基加氢方式,代码是83。

您好,我的结构羟基加上氢,审稿人说M-O-H的角度小,只有68度,怎么办呢,谢谢你,求助
10楼2014-09-28 09:57:42
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