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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请问如何将多聚体分开
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caochen

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 请问如何将多聚体分开

有一个pdb文件,是一个6聚体,对接的时候太卡了,想把这6聚体分开,只对接其中一个蛋白,请问什么软件可以做到?
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祭奠
1楼 2012-10-23 20:40:39
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candery

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流，你也可以把你选择的过程使用tcl脚本来实现，更加方便也利用下次使用 2012-10-24 09:51:45
我一般用VMD
用VMD打开一个pdb以后，在Representations 里的Selected Atoms 写上你要输出的部分，然后 Save coordinates，可以选很多输出格式。
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3楼2012-10-24 08:49:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2012-10-24 05:41:08
MVD或者pymol都可以做到~呵呵~~
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2楼2012-10-23 22:34:19
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caochen

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-23 22:34:19
MVD或者pymol都可以做到~呵呵~~

pymol如何做到,能详细说明下么.分数给你
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祭奠
4楼2012-10-24 18:43:46
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zy2376

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-26 17:24:33
1.pymol打开PDB文件
2.点右下角的S，显示出序列
3.右下角倒数第三行 selecting 选择chains
4.pymol上方显示的序列前会标识出生是那条chain，此时选中单条chain的一个残基，就能选中整条链，然后删除。
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5楼2013-01-25 19:10:57
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