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关于MSAP目的片段测序问题
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最近在做MSAP目的片段回收测序，对于测序结果存在一些疑问。 1.测序结果中，目的片段两端的引物序列是同一个引物，比如一端是H+M引物，另一端就是H+M引物的反向互补序列。我想知道这样的情况是正常的吗？之前一直认为MSAP用的是双酶切，再连接上两种人工接头，不同的接头对应不同的引物，那最终目的片段两端的引物应该分别是EA和H+M两种引物。 2.根据以上的情况，我就在想，双酶切的时候，正常情况下目的片段两端应该分别被EcoRI和HpaII切割。如果一个片段被同一个酶切割了，比如都被Hpa II切开，那片段两端的引物肯定就是相同的，那以上情况的产生就属正常。但是如果目的片段都是被EcoRI切开的，那么这个片段并不属于甲基化片段，那这种方法所做的结果应该并不准确的吧？还是这样的情况较少，可以忽略。 3.我的材料是植物的，同源性比对结果大多是一些菌，不知道是不是材料污染了，或者是PCR的时候出错了。 我的问题多多啊，请好心人帮忙！！！ |
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