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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » g_dist 算分子末端距
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] g_dist 算分子末端距

用 g_dist -f *.trr -n dist.xvg -o *.xvg -b 0 -e 1000

dist.xvg文件这样写的：
[ end1]
  1
[ end2 ]
358

想得到分子两端的距离，盒子大小 5 x 3 x 3 nm^3，做出分子两端原子的距离感觉不太对，有负值，并且出现如图中红线的跳动，轨迹转换的时候试过 trjconv -pbc mol 把分子放到盒子中，但依旧会出现相同的问题，请问应该如何解决，说具体点，谢谢！
g_dist示意图.jpg



g_dist.jpg
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  • 附件 1 : g_dist示意图.jpg
    • 2012-10-22 10:58:57, 32.86 K

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奋斗中的小木虫
1楼 2012-10-22 10:59:19
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mengsk

金虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-10-22 11:07:52
计算分子两端的距离，我推荐你使用g_mindist 吧
步骤：
1、你先把两端的两个原子单独挑出来，建立一个新的group ：mindist.ndx
2、使用命令g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg

然后 ...

用g_mindist 和用 g_dist 做出来的图基本一致，好像没有考虑盒子的周期性。这么说吧，我想看分子的长度，而不是看两个分子之间的距离。
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奋斗中的小木虫
3楼2012-10-22 17:09:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-10-22 11:14:50
计算分子两端的距离，我推荐你使用g_mindist 吧
步骤：
1、你先把两端的两个原子单独挑出来，建立一个新的group ：mindist.ndx
2、使用命令g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg

然后输出的距离就在mindist.xvg 里。
不清楚的地方，仔细看此命令的手册
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mengsk
2楼2012-10-22 11:07:52
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-10-22 17:09:00
用g_mindist 和用 g_dist 做出来的图基本一致，好像没有考虑盒子的周期性。这么说吧，我想看分子的长度，而不是看两个分子之间的距离。...

可以加一个参数 -nopbc ，这样计算的就是分子本身的末端距了
g_mindist -f *.xtc -s *.tpr -n mindist.ndx -od mindist.xvg -nopbc
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奋斗中的小木虫
4楼2012-11-30 16:10:37
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