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g_dist 算分子末端距
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用 g_dist -f *.trr -n dist.xvg -o *.xvg -b 0 -e 1000 dist.xvg文件这样写的： [ end1] 1 [ end2 ] 358 想得到分子两端的距离，盒子大小 5 x 3 x 3 nm^3，做出分子两端原子的距离感觉不太对，有负值，并且出现如图中红线的跳动，轨迹转换的时候试过 trjconv -pbc mol 把分子放到盒子中，但依旧会出现相同的问题，请问应该如何解决，说具体点，谢谢！  g_dist示意图.jpg  g_dist.jpg |
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2012-10-22 10:58:57, 32.86 K
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