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wandahuan

铜虫 (小有名气)

[求助] 请大家帮我看看我的southern blot 图片,不知道问题出在哪里了,谢谢 已有1人参与

southern blot 实验目的是为了验证突变体基因被敲除(1,2分别是两个不同突变体)
1.使用单酶切5小时左右;
2.基因组DNA浓度约为450ng/uL,上样量每孔50微升,跑胶(0.8%)5小时左右,条带很亮;
3.试剂盒是Roche Kit I, 洗脱条件为:68℃  2×SSC,0.1%SDS 洗30min, 68℃  0.5×SSC,0.1%SDS 洗15min,洗两次;
4.探针是PCR目的基因部分片段的回收产物,大小约为400和700bp。
问题:
探针第一和第二次用的相同,第一次Marker(TAKARA DL15000)未杂出条带,目的基因野生型与突变体有目的条带;
第二次-1基因做出来了,-2效果不太好;
第三次-1是新做的探针,有杂带,背景信号也很高,-2仍是之前的探针,却没有杂出目标条带。

麻烦大家帮我分析分析是什么原因,有什么好的解决方法。不甚感激~~~~

第一次-1.jpg



第一次-2.jpg



第二次-1.jpg



第二次-2.jpg



第三次-1.jpg



第三次-2.jpg
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by lily981107 at 2012-10-30 09:02:32
细菌总DNA不需要这么多,是不是浓度测定方法有大误差或者是酶切后纯化时损失太多?一般情况核酸浓度确定需要电泳和分光光度计测定结合,探针标记前测定即可。...

酶切之后,我们没有纯化,第二天直接上样跑电泳的。。。。。
10楼2012-10-31 18:52:55
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iriskye

银虫 (小有名气)

能不能请教您探针是怎么设计的?
2楼2012-10-16 22:54:15
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iriskye at 2012-10-16 22:54:15
能不能请教您探针是怎么设计的?

PCR目标基因上游或者下游片段,回收后与marker煮沸后加入1号液制成。
3楼2012-10-17 21:53:21
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lily981107

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 鼓励积极交流经验 2012-10-24 15:13:47
是什么材料的总DNA?真菌的总量5-10ug即可,植物的20ug左右。图中判断似乎没有22ug的总量,总DNA量不够是原因之一。此外marker太多,加入5ng即可。建议下次加入用做探针的pcr产物做对照(多加一个孔),是监控反应体系的标准之一。如果marke和pcr产物对应条带都很清楚,而样品没有条带,其可能原因有两点:DNA量不够,转膜效率太低。
5楼2012-10-20 11:54:04
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