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wandahuan

铜虫 (小有名气)

[求助] 请大家帮我看看我的southern blot 图片,不知道问题出在哪里了,谢谢 已有1人参与

southern blot 实验目的是为了验证突变体基因被敲除(1,2分别是两个不同突变体)
1.使用单酶切5小时左右;
2.基因组DNA浓度约为450ng/uL,上样量每孔50微升,跑胶(0.8%)5小时左右,条带很亮;
3.试剂盒是Roche Kit I, 洗脱条件为:68℃  2×SSC,0.1%SDS 洗30min, 68℃  0.5×SSC,0.1%SDS 洗15min,洗两次;
4.探针是PCR目的基因部分片段的回收产物,大小约为400和700bp。
问题:
探针第一和第二次用的相同,第一次Marker(TAKARA DL15000)未杂出条带,目的基因野生型与突变体有目的条带;
第二次-1基因做出来了,-2效果不太好;
第三次-1是新做的探针,有杂带,背景信号也很高,-2仍是之前的探针,却没有杂出目标条带。

麻烦大家帮我分析分析是什么原因,有什么好的解决方法。不甚感激~~~~

第一次-1.jpg



第一次-2.jpg



第二次-1.jpg



第二次-2.jpg



第三次-1.jpg



第三次-2.jpg
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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2楼: Originally posted by iriskye at 2012-10-16 22:54:15
能不能请教您探针是怎么设计的?

PCR目标基因上游或者下游片段,回收后与marker煮沸后加入1号液制成。
3楼2012-10-17 21:53:21
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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5楼: Originally posted by lily981107 at 2012-10-20 11:54:04
是什么材料的总DNA?真菌的总量5-10ug即可,植物的20ug左右。图中判断似乎没有22ug的总量,总DNA量不够是原因之一。此外marker太多,加入5ng即可。建议下次加入用做探针的pcr产物做对照(多加一个孔),是监控反应体 ...

我做的是细菌的,每孔总量为20ug左右。我后面用相同的DNA又做了一次,这次效果还不错,条带都很清晰,不过不同的是把探针换了,而且探针煮沸后冰浴着,再加入杂交液的。
不知道您有没有检测探针浓度的方法,Roche Kit I 的英文说明书有些看不明白。。。。
6楼2012-10-28 20:39:35
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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8楼: Originally posted by lily981107 at 2012-10-30 09:02:32
细菌总DNA不需要这么多,是不是浓度测定方法有大误差或者是酶切后纯化时损失太多?一般情况核酸浓度确定需要电泳和分光光度计测定结合,探针标记前测定即可。...

之前探针使用时煮沸后未冰浴。。。。实验室流传下来的方法没有这一步。
细菌基因组DNA是用仪器测的,探针用的片段未测浓度。。。
9楼2012-10-31 18:50:03
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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8楼: Originally posted by lily981107 at 2012-10-30 09:02:32
细菌总DNA不需要这么多,是不是浓度测定方法有大误差或者是酶切后纯化时损失太多?一般情况核酸浓度确定需要电泳和分光光度计测定结合,探针标记前测定即可。...

酶切之后,我们没有纯化,第二天直接上样跑电泳的。。。。。
10楼2012-10-31 18:52:55
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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11楼: Originally posted by 爱笑的大脸猫 at 2014-05-05 14:53:06
你好,我也在做southern-blot,不过我是新手,做出来后背景特别高敢问大神该怎么解决?还有68℃  2×SSC,0.1%SDS 洗30min, 68℃  0.5×SSC,0.1%SDS 您是高压灭菌除菌还是过滤除菌?求回复,感激不尽!

高温灭菌的。。。背景高可能是探针浓度过高了,吸取一点探针出来稀释3~5倍试试。。。Marker亮度如何?目的条带都能杂交出来么?
12楼2014-05-07 14:37:32
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wandahuan

铜虫 (小有名气)

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13楼: Originally posted by 爱笑的大脸猫 at 2014-05-12 09:27:38
谢谢,我试着高压灭菌,把探针浓度降低5倍,阳性对照条带明显,但是实验组没有条带,我提取的DNA 浓度是238ng/ul用TAKALA的酶进行酶切,酶切体系是
EcoR1 1ul,BUf 2ul, DNA5ul(说明书上说DNA<1ug), 无菌水12 ...

对不起额,最近上课比较忙,很久没来小木虫看了。。。我记得我是每次切100 ul 体系,79 ul DNA,(浓度200微克以上),单酶切的话 酶7微升,buffer 14ul,酶切5小时或者过夜都可以。。。。
14楼2014-05-14 20:47:56
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