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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 计算大体系时总崩溃
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nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] 计算大体系时总崩溃

新编译的vasp程序，在计算小体系（vasp的例子NaF）没有问题，可以顺利结束。但是在计算一个60个原子的超胞时，就总是出现以下错误：
rank 0 in job 1  node08.hpc_38762   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

求助，这是什么原因造成的？
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1楼 2012-09-27 10:59:31
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教！ 2012-09-27 15:00:07
首先你要看看你的结构是否合理。输入文件是否有错误。然后看看内存是否够。最后看看输出的错误信息是什么。我也遇到过这样的问题。（如硬盘不够了，内存不够了，输入有错误，结构不合理......)
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专心做学问
2楼2012-09-27 12:07:12
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-27 17:23:04
显然最可能的原因是内存不够！
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3楼2012-09-27 14:59:56
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xianglannihao

铜虫 (小有名气)
可能是并行计算的问题，你可以把NPAR改小点试下。一般5.2版本会出现这个问题，试下用5.2以下版本。
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4楼2012-09-28 08:58:19
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-29 08:42:22
印象中最可能的原因大概有两个
1节点间通讯问题
2是内存不足

有时候把初始结构微调一下好像也可以改善
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5楼2012-09-28 20:20:20
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-29 08:42:28
应该是内存和通讯的问题。
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快乐吧
6楼2012-09-28 23:37:06
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
64的原子用了多少K点？
用了几个node并行计算？
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7楼2012-09-28 23:39:13
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nkleof

银虫 (正式写手)
★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢反馈！ 2012-12-02 21:26:21
原因找到了，是系统设置的问题。
用ulimit -s unlimited顺利解决。
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8楼2012-12-02 21:24:08
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西山一

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by nkleof at 2012-12-02 21:24:08
原因找到了，是系统设置的问题。
用ulimit -s unlimited顺利解决。

大神，你这个问题怎么解决的？
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9楼2013-01-21 21:28:02
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