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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp5.2.2计算大体系出错
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

[求助] vasp5.2.2计算大体系出错

今天用单机的vasp试计算，表面，也就十来个粒子。为了安装vtstcode重新编译了一下，，计算小体系时候都正常，但是大体系就不行了。查一晚上没解决问题，请大家指教
cpu：intel   ifort11+mpich2+gotoblas2+fftw3.3.2

running on    2 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    2 groups  
vasp.5.2.2 15Apr09 complex   
POSCAR found :  1 types and   16 ions  
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR found :  1 types and   16 ions  
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...(           2 )
reading WAVECAR  entering main loop        N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
DAV:   1     0.144296437956E+03    0.14430E+03   -0.12820E+04   204   0.827E+02
DAV:   2    -0.481844718569E+02   -0.19248E+03   -0.18062E+03   268   0.155E+02
DAV:   3    -0.583867503446E+02   -0.10202E+02   -0.98958E+01   270   0.356E+01
DAV:   4    -0.588497326036E+02   -0.46298E+00   -0.46207E+00   320   0.878E+00
*** glibc detected *** vasp: munmap_chunk(): invalid pointer:
0x000000000482a8d0 *** ======= Backtrace: ========= /lib64/libc.so.6[0x3fe8e75526]
vasp[0xea11fc]
vasp[0x501f11]
vasp[0x64614f]
vasp[0x70cc4c]
vasp[0x950e4d]
vasp[0x42bcf2]
vasp[0x4076ac]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd)[0x3fe8e1ee5d] vasp[0x4075a9]

======= Memory map: ========
00400000-010b4000 r-xp 00000000 fd:00 264343                             /usr/bin/vasp
012b3000-012fd000 rw-p 00cb3000 fd:00 264343                             /usr/bin/vasp
012fd000-01794000 rw-p 00000000 00:00 0  02ddd000-09a53000 rw-p 00000000 00:00 0                                  [heap]
3fe8a00000-3fe8a1f000 r-xp 00000000 fd:00 134846                         /lib64/ld-2.13.so
3fe8c1e000-3fe8c1f000 r--p 0001e000 fd:00 134846                         /lib64/ld-2.13.so
3fe8c1f000-3fe8c20000 rw-p 0001f000 fd:00 134846                         /lib64/ld-2.13.so
3fe8c20000-3fe8c21000 rw-p 00000000 00:00 0  
3fe8e00000-3fe8f91000 r-xp 00000000 fd:00 134847                         /lib64/libc-2.13.so
3fe8f91000-3fe9191000 ---p 00191000 fd:00 134847                         /lib64/libc-2.13.so
3fe9191000-3fe9195000 r--p 00191000 fd:00 134847                         /lib64/libc-2.13.so
3fe9195000-3fe9196000 rw-p 00195000 fd:00 134847                         /lib64/libc-2.13.so
3fe9196000-3fe919c000 rw-p 00000000 00:00 0  
3fe9200000-3fe9217000 r-xp 00000000 fd:00 134849                         /lib64/libpthread-2.13.so
3fe9217000-3fe9416000 ---p 00017000 fd:00 134849                         /lib64/libpthread-2.13.so
3fe9416000-3fe9417000 r--p 00016000 fd:00 134849                         /lib64/libpthread-2.13.so
3fe9417000-3fe9418000 rw-p 00017000 fd:00 134849                         /lib64/libpthread-2.13.so
3fe9418000-3fe941c000 rw-p 00000000 00:00 0  
3fe9600000-3fe9602000 r-xp 00000000 fd:00 134855                         /lib64/libdl-2.13.so
3fe9602000-3fe9802000 ---p 00002000 fd:00 134855                         /lib64/libdl-2.13.so
3fe9802000-3fe9803000 r--p 00002000 fd:00 134855                         /lib64/libdl-2.13.so
3fe9803000-3fe9804000 rw-p 00003000 fd:00 134855                         /lib64/libdl-2.13.so
3fe9a00000-3fe9a07000 r-xp 00000000 fd:00 134850                         /lib64/librt-2.13.so
3fe9a07000-3fe9c06000 ---p 00007000 fd:00 134850                         /lib64/librt-2.13.so
3fe9c06000-3fe9c07000 r--p 00006000 fd:00 134850                         /lib64/librt-2.13.so
3fe9c07000-3fe9c08000 rw-p 00007000 fd:00 134850                         /lib64/librt-2.13.so
3fe9e00000-3fe9e84000 r-xp 00000000 fd:00 134852                         /lib64/libm-2.13.so
3fe9e84000-3fea083000 ---p 00084000 fd:00 134852                         /lib64/libm-2.13.so
3fea083000-3fea084000 r--p 00083000 fd:00 134852                         /lib64/libm-2.13.so
3fea084000-3fea085000 rw-p 00084000 fd:00 134852                         /lib64/libm-2.13.so
3fea600000-3fea615000 r-xp 00000000 fd:00 134856                         /lib64/libgcc_s-4.5.1-20100924.so.
1 3fea615000-3fea814000 ---p 00015000 fd:00 134856                         /lib64/libgcc_s-4.5.1-20100924.so.
1 3fea814000-3fea815000 rw-p 00014000 fd:00 134856                         /lib64/libgcc_s-4.5.1-20100924.so.1
7f07e83cd000-7f07ee313000 rw-p 00000000 00:00 0  
7f07ee67f000-7f07eed57000 rw-p 00000000 00:00 0  
7f07ef0c3000-7f07ef42f000 rw-p 00000000 00:00 0  
7f07ef42f000-7f07ef470000 rw-s 00000000 00:10 150078                     /dev/shm/mpich_shar_tmpiNIui3 (deleted)
7f07ef470000-7f07ef9d3000 rw-p 00000000 00:00 0
7f07ef9d3000-7f07f01f4000 rw-s 00000000 00:10 150073                     /dev/shm/mpich_shar_tmpVulusm (deleted)
7f07f01f4000-7f07f21f4000 rw-p 00000000 00:00 0  
7f07f26c6000-7f07f26cb000 rw-p 00000000 00:00 0  
7f07f26dc000-7f07f2e8c000 r-xp 00000000 fd:00 271546                     /usr/local/lib/libgoto2_nehalem-r1.13.so
7f07f2e8c000-7f07f308c000 ---p 007b0000 fd:00 271546                     /usr/local/lib/libgoto2_nehalem-r1.13.so
7f07f308c000-7f07f3095000 rw-p 007b0000 fd:00 271546                     /usr/local/lib/libgoto2_nehalem-r1.13.so
7f07f3095000-7f07f31dd000 rw-p 00000000 00:00 0  
7ffff4bdc000-7ffff4bfc000 rwxp 00000000 00:00 0                          [stack] 7ffff4bfd000-7ffff4bfd000 rw-p 00000000 00:00 0  
7ffff4bff000-7ffff4c00000 r-xp 00000000 00:00 0                          [vdso] ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vsyscall]
rank 0 in job 13  localhost.localdomain_38908   caused collective abort of all ranks   exit status of rank 0: killed by signal 9  









core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 0
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 24506
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 1024
pipe size            (512 bytes, -p) 8
POSIX message queues     (bytes, -q) 819200
real-time priority              (-r) 0
stack size              (kbytes, -s) unlimited
cpu time               (seconds, -t) unlimited
max user processes              (-u) 1024
virtual memory          (kbytes, -v) unlimited
file locks                      (-x) unlimited

[ Last edited by liliangfang on 2012-6-10 at 22:43 ]
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1楼 2012-06-10 22:24:17
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hakuna

木虫 (知名作家)
★ ★
xueht987: 金币+2, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-13 09:12:44
16个原子也不算大....
这种问题查起来比较麻烦，你gotoblas编译时是否也用intel的编译器？
gotoblas号称比较快，实际没那么快，建议还是用intel的库，傅里叶变换模块用vasp自带的就很好
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-12 20:32:04
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hakuna at 2012-06-12 20:32:04
16个原子也不算大....
这种问题查起来比较麻烦，你gotoblas编译时是否也用intel的编译器？
gotoblas号称比较快，实际没那么快，建议还是用intel的库，傅里叶变换模块用vasp自带的就很好

是的intel11
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3楼2012-06-12 22:04:08
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
xueht987: 金币+1, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-13 09:13:01
vasp5.2确实很容易出现问题，我前面也遇到这样的问题，一直没有解决。实在没必要的话 还退回去用vasp4.6吧。
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相逢是缘！
4楼2012-06-12 22:16:50
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
gotoblas2对于某些系统有问题呢。还是用mkl为好。
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5楼2012-06-14 23:03:46
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
vasp5.2出问题的，多数都是makefile是拷贝vasp4.6的，或者makefile不是在原配makefile的基础上修改，或者makefile不是相应版本的。

此外，和vasp4.6并无区别。
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6楼2012-06-14 23:05:17
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-06-14 23:05:17
vasp5.2出问题的，多数都是makefile是拷贝vasp4.6的，或者makefile不是在原配makefile的基础上修改，或者makefile不是相应版本的。

此外，和vasp4.6并无区别。

多谢提示，不是这个问题
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7楼2012-06-15 09:04:06
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huangguiyang

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liliangfang at 2012-06-15 09:04:06
多谢提示，不是这个问题...

都是一样的数学库，一样的编译参数，那就肯定是这个问题。

因为我的算得好好的，并没问题。
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8楼2012-06-15 21:57:18
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by huangguiyang at 2012-06-15 21:57:18
都是一样的数学库，一样的编译参数，那就肯定是这个问题。

因为我的算得好好的，并没问题。...

不是这问题，我不是单纯编译vasp，你没看问题
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9楼2012-06-16 17:43:17
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souledge

专家顾问 (著名写手)
昨天用PGI的9.0和10.6分别编译VASP 4.6，计算时也是这样，换了N种数学库，折腾了N种不同编译参数，耗时三四个小时，依然没有解决开始计算时glibc的抱错。最后烦了，用gfortran编译了一把，于是通过了……试了试，速度还不慢~
用PGI和gfortran再加打包库编译，是为了程序的可远行考虑，编译出的VASP 4.6有20MB左右。
奇怪的是，同样的PGI 9.0，在3.0的Kernel下编译居然就过了……
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思想重于技巧，内涵重于表象
10楼2012-06-17 22:48:03
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