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nkleof

银虫 (正式写手)

[求助] 计算大体系时总崩溃

新编译的vasp程序,在计算小体系(vasp的例子NaF)没有问题,可以顺利结束。但是在计算一个60个原子的超胞时,就总是出现以下错误:
rank 0 in job 1  node08.hpc_38762   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: killed by signal 9

求助,这是什么原因造成的?
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06022043

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教! 2012-09-27 15:00:07
首先你要看看你的结构是否合理。输入文件是否有错误。然后看看内存是否够。最后看看输出的错误信息是什么。我也遇到过这样的问题。(如硬盘不够了,内存不够了,输入有错误,结构不合理......)
专心做学问
2楼2012-09-27 12:07:12
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-27 17:23:04
显然最可能的原因是内存不够!
3楼2012-09-27 14:59:56
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xianglannihao

铜虫 (小有名气)

可能是并行计算的问题,你可以把NPAR改小点试下。一般5.2版本会出现这个问题,试下用5.2以下版本。
4楼2012-09-28 08:58:19
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魔鬼中的天使

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-29 08:42:22
印象中最可能的原因大概有两个
1节点间通讯问题
2是内存不足

有时候把初始结构微调一下好像也可以改善
5楼2012-09-28 20:20:20
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-29 08:42:28
应该是内存和通讯的问题。
快乐吧
6楼2012-09-28 23:37:06
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

64的原子用了多少K点?
用了几个node并行计算?
7楼2012-09-28 23:39:13
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nkleof

银虫 (正式写手)

★ ★
fzx2008: 金币+2, 谢谢反馈! 2012-12-02 21:26:21
原因找到了,是系统设置的问题。
用ulimit -s unlimited顺利解决。
8楼2012-12-02 21:24:08
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西山一

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by nkleof at 2012-12-02 21:24:08
原因找到了,是系统设置的问题。
用ulimit -s unlimited顺利解决。

大神,你这个问题怎么解决的?
9楼2013-01-21 21:28:02
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