应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs使用新参数计算能量
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 505  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

xlxsioc

金虫 (小有名气)

[求助] Gromacs使用新参数计算能量

我现在有一条长的轨迹文件。 现在想使用轨迹中的结构 以及 新的参数 计算每一步的能量。不知道怎么实现。跪求各位大神帮忙。
BTW mdrun -rerun不能用 计算出来的是各种奇怪的数值。
回复此楼

» 猜你喜欢
fight
1楼 2012-09-26 15:02:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xlxsioc

金虫 (小有名气)
xlxsioc: 回帖置顶 2012-09-26 17:08:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-26 15:18:43
新的参数 计算每一步的能量？？？？

难道你的输出选项里没有 edr  文件吗？
这里面就是各种能量啊

有啊，我现在想用新参数重新计算能量，比较原来的edr文件能量与重新计算的能量的不同
赞一下 回复此楼
fight
3楼2012-09-26 16:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
新的参数 计算每一步的能量？？？？

难道你的输出选项里没有 edr  文件吗？
这里面就是各种能量啊
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-26 15:18:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +6 哇呼哼呼哼 2026-04-02 7/350 2026-04-05 15:41 by wwytracy
[考研] 081700学硕，323分，一志愿中国海洋大学求调剂学校 +16 披星河 2026-04-04 16/800 2026-04-05 11:27 by 猪会飞
[考研] 332求调剂 +10 小小孟... 2026-04-05 10/500 2026-04-05 11:05 by 我的船我的海
[考研] 求调剂 +3 电气小神童 2026-04-04 3/150 2026-04-05 10:17 by barlinike
[考研] 材料调剂 +9 革微桂 2026-04-04 9/450 2026-04-05 08:27 by 544594351
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 求调剂 +4 晟功? 2026-04-03 4/200 2026-04-04 21:58 by hemengdong
[考研] 283分求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-03 7/350 2026-04-04 21:51 by hemengdong
[考研] 求调剂 +3 ffyyu 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:03 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 338求调剂，一志愿能源动力，外语是日语203 +5 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 环境工程297分求调剂一志愿杭高院 +15 GENJIOW 2026-03-31 16/800 2026-04-02 17:56 by cyh—315
[考研] 08工科求调剂290分 +5 1314捧花 2026-04-02 8/400 2026-04-02 13:16 by 乔哒哒哒
[考研] 314求调剂 +11 1xiaojun23 2026-03-31 12/600 2026-04-02 12:31 by 1xiaojun23
[考研] 【求调剂】新能源材料本科，一志愿211，初试321 +6 求调剂学校， 2026-04-02 6/300 2026-04-02 09:41 by 晴空210210
[考研] 生物学327，求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 江苏科技大学招材料研究生 +4 Su032713. 2026-04-01 5/250 2026-04-01 22:03 by cccchenso
[考研] 284求调剂 +12 小熊～～ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +8 邱gl 2026-03-30 16/800 2026-04-01 17:58 by 邱gl
[考研] 083000环境科学与工程调剂，总分281 +4 橙子（胜意） 2026-03-30 4/200 2026-03-31 00:44 by Linzejun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭