应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs使用新参数计算能量
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
31/1返回列表
查看: 504  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

xlxsioc

金虫 (小有名气)

[求助] Gromacs使用新参数计算能量

我现在有一条长的轨迹文件。 现在想使用轨迹中的结构 以及 新的参数 计算每一步的能量。不知道怎么实现。跪求各位大神帮忙。
BTW mdrun -rerun不能用 计算出来的是各种奇怪的数值。
回复此楼

» 猜你喜欢
fight
1楼 2012-09-26 15:02:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
新的参数 计算每一步的能量？？？？

难道你的输出选项里没有 edr  文件吗？
这里面就是各种能量啊
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-26 15:18:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xlxsioc

金虫 (小有名气)
xlxsioc: 回帖置顶 2012-09-26 17:08:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-09-26 15:18:43
新的参数 计算每一步的能量？？？？

难道你的输出选项里没有 edr  文件吗？
这里面就是各种能量啊

有啊，我现在想用新参数重新计算能量，比较原来的edr文件能量与重新计算的能量的不同
赞一下 回复此楼
fight
3楼2012-09-26 16:05:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xlxsioc 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 301求调剂 +10 121. 2026-04-04 10/500 2026-04-05 00:00 by 永字号
[考研] 化学357分，考研调剂 +8 .Starry. 2026-04-04 9/450 2026-04-04 22:52 by 理想在实践之中
[考研] 304求调剂（085602，过四级，一志愿985） +6 化工人999 2026-04-04 6/300 2026-04-04 22:37 by 啊李999
[考研] 333求调剂 +9 阿科逸 2026-03-31 9/450 2026-04-04 18:25 by macy2011
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
[考研] 求调剂，一志愿郑州大学材料与化工专硕，英二数二342分，求老师收留 +17 v12abo 2026-04-02 19/950 2026-04-04 09:16 by 来看流星雨10
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 材料化工340求调剂 +5 jhx777 2026-03-30 5/250 2026-04-02 12:45 by smileboy2006
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +8 cs0106 2026-04-01 9/450 2026-04-02 10:36 by 不吃魚的貓
[考博] 26年申博 +3 staryer 2026-03-30 4/200 2026-04-01 23:21 by ai4pharm
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-31 7/350 2026-04-01 22:04 by 客尔美德
[考研] 085410人工智能 初试316分 求调剂 +3 残星拂曙 2026-03-31 3/150 2026-04-01 11:09 by 小熊raider
[考研] 070300化学专业279调剂 +10 哈哈哈^_^ 2026-03-31 10/500 2026-03-31 23:13 by liu823948201
[考研] 254材料与化工求调剂 +3 翰冬林楠 2026-03-30 4/200 2026-03-31 17:53 by yishunmin
[考研] 323分 食品与营养调剂 +3 嘿ooo 2026-03-31 3/150 2026-03-31 09:38 by longlotian
[考研] 一志愿大连理工大学材料求调剂 +6 Gymno 2026-03-30 6/300 2026-03-31 07:26 by 无际的草原
[考研] 一志愿食品科学与工程083200求调剂 +4 XQTJZ 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:10 by fmesaito
[考研] 296求调剂 +10 彼岸t 2026-03-29 10/500 2026-03-30 10:50 by 探123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭