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wenxianliu

金虫 (小有名气)

[求助] 用SMD计算溶剂化效应

本人想用SMD模型计算溶剂化效应，输入文件加关键词                    # B3LYP/genecp SCF=Tight SCRF=(SMD,read,Solvent=dichloromethane),这样有问题吗？
计算正常结束，一般取哪个值呢？

SCF Done:  E(RB3LYP) =  -622.415964409     A.U. after   18 cycles
             Convg  =    0.6516D-08             -V/T =  2.1925
SMD-CDS (non-electrostatic) energy       (kcal/mol) =      -4.18
(included in total energy above)
上面的数据是从输出文件中复制的。
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1楼 2012-09-22 15:34:51
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wenxianliu: 金币+2, ★有帮助 2012-09-23 16:42:35
gmy1990: 金币+2 2012-09-23 17:00:44
取-622.415964409。这个值已经包含了溶剂对总能量产生的极性和非极性贡献
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2楼2012-09-22 17:05:57
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
SMD书与溶剂化能中非静电作用那一块
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3楼2012-09-22 18:42:50
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lishijunzong at 2012-09-22 18:42:50
SMD书与溶剂化能中非静电作用那一块

什么意思呀
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4楼2012-09-23 16:42:02
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2012-09-22 17:05:57
取-622.415964409。这个值已经包含了溶剂对总能量产生的极性和非极性贡献

请问你用SMD算过溶剂效应没，是取这个值吗？
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5楼2012-09-23 16:49:50
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2012-09-22 17:05:57
取-622.415964409。这个值已经包含了溶剂对总能量产生的极性和非极性贡献

PCM计算结果你取的那个值呢
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -622.394062642     A.U. after   12 cycles
             Convg  =    0.2766D-08             -V/T =  2.1925
             S**2   =   0.0000
--------------------------------------------------------------------
Variational PCM results
=======================
                     (a.u.) =    -622.385519
                     (a.u.) =    -622.392928
                     (a.u.) =    -622.394058
                     (a.u.) =    -622.384165
                     (a.u.) =    -622.394063
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -622.387108
--------------------------------------------------------------------
(Unpolarized solute)-Solvent             (kcal/mol) =      -4.65
(Polarized solute)-Solvent               (kcal/mol) =      -6.21
Solute polarization                      (kcal/mol) =       0.85
Total electrostatic                      (kcal/mol) =      -5.36
--------------------------------------------------------------------
Cavitation energy                        (kcal/mol) =      26.60
Dispersion energy                        (kcal/mol) =     -25.36
Repulsion energy                         (kcal/mol) =       3.13
Total non electrostatic                  (kcal/mol) =       4.36
DeltaG (solv)                            (kcal/mol) =      -1.00
--------------------------------------------------------------------
Dipole moment (Debye):
in vacuo    : X= -0.3732 Y= -5.8156 Z=  5.0735 Tot=  7.7266
in solution : X= -0.6303 Y= -7.2138 Z=  5.9762 Tot=  9.3889
--------------------------------------------------------------------
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6楼2012-09-23 16:54:31
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lishijunzong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wenxianliu at 2012-09-23 16:42:02
什么意思呀...

溶剂化能包含有静电能与非静电能两部分
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7楼2012-09-23 18:34:39
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
引用回帖:
6楼: Originally posted by wenxianliu at 2012-09-23 16:54:31
PCM计算结果你取的那个值呢
SCF Done:  E(RB+HF-LYP) =  -622.394062642     A.U. after   12 cycles
             Convg  =    0.2766D-08             -V/T =  2.1925
             S**2   =   0.0000
---- ...

溶剂下的总能量取
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -622.387108
看看介绍隐式溶剂模型的基础书籍就会明白各项代表的含义。
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8楼2012-09-23 21:50:26
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wenxianliu

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sobereva at 2012-09-23 21:50:26
溶剂下的总能量取
Total free energy in solution:
  with all non electrostatic terms            (a.u.) =    -622.387108
看看介绍隐式溶剂模型的基础书籍就会明白各项代表的含义。...

PCM计算溶剂化能取值有好多种，我们一般是取
DeltaG (solv)                            (kcal/mol) =      -1.00
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9楼2012-09-24 10:24:58
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纪念品

银虫 (小有名气)
请问是取最后一个点的SCF Done的值吗？我的输出文件里面有很多SCF Done值。
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简简单单，渐行渐远
10楼2016-12-22 16:58:36
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