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关于结构优化和分子能量的计算
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今天我在CCDC上下载了苯甲酸甲酯的结构，因为-COOCH3和苯环不是一个平面的 角度大概为23度 所以我想算算分子能量，开始优化的时候，提示总是出错。我开始的时候固定了二面角的 由于本人刚开始学习，希望高手们指教 见下面 %chk=F:\LT.chk -------------------------------------------------------- # opt=modredundant rb3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity -------------------------------------------------------- 1/14=-1,18=120,26=3,38=1,57=2/1,3; 2/9=110,17=6,18=5,40=1/2; 3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3; 4/7=1/1; 5/5=2,38=5/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1; 7//1,2,3,16; 1/14=-1,18=20/3(3); 2/9=110/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1; 99//99; 2/9=110/2; 3/5=4,6=6,7=111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3; 4/5=5,7=1,16=3/1; 5/5=2,38=5/2; 7//1,2,3,16; 1/14=-1,18=20/3(-5); 2/9=110/2; 6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,28=1/1; 99/9=1/99; ----------- CSD ENTRY 3 ----------- Symbolic Z-matrix: Charge = 0 Multiplicity = 1 Error parsing atomic flags: QPERR --- A SYNTAX ERROR WAS DETECTED IN THE INPUT LINE. PDBNAME=O1,RESNAME=UNK,RESNUM=1 ' Last state="Top" TCursr= 144 LCursr= 0 Error termination via Lnk1e in C:\G03W\l101.exe at Tue Sep 11 10:09:26 2012. Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 1.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 7 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1 ===================================================== %chk=F:\LT.chk # opt=modredundant rb3lyp/6-311+g(d,p) geom=connectivity CSD ENTRY 3 0 1 O(PDBName=O1,ResName=UNK,ResNum=1) 5.15700000 -1.12500000 7.35000000 O(PDBName=O2,ResName=UNK,ResNum=1) 5.14200000 0.99900000 6.63100000 C(PDBName=C1,ResName=UNK,ResNum=1) 5.16500000 -0.32400000 6.44700000 C(PDBName=C2,ResName=UNK,ResNum=1) 5.19800000 -0.68900000 4.99800000 C(PDBName=C3,ResName=UNK,ResNum=1) 5.15600000 1.44600000 8.00700000 H(PDBName=H3A,ResName=UNK,ResNum=1) 5.14400000 2.42600000 8.03300000 H(PDBName=H3B,ResName=UNK,ResNum=1) 5.96700000 1.11800000 8.44900000 H(PDBName=H3C,ResName=UNK,ResNum=1) 4.36600000 1.09700000 8.47100000 C(PDBName=C4,ResName=UNK,ResNum=1) 4.75800000 -1.94600000 4.61500000 H(PDBName=H4A,ResName=UNK,ResNum=1) 4.45500000 -2.56400000 5.26900000 C(PDBName=C5,ResName=UNK,ResNum=1) 4.75900000 -2.29900000 3.27100000 H(PDBName=H5A,ResName=UNK,ResNum=1) 4.42700000 -3.14800000 3.00200000 C(PDBName=C6,ResName=UNK,ResNum=1) 5.24600000 -1.41300000 2.32200000 H(PDBName=H6A,ResName=UNK,ResNum=1) 5.25300000 -1.65800000 1.40500000 C(PDBName=C7,ResName=UNK,ResNum=1) 5.72300000 -0.16800000 2.71200000 H(PDBName=H7A,ResName=UNK,ResNum=1) 6.08000000 0.42700000 2.06300000 C(PDBName=C8,ResName=UNK,ResNum=1) 5.68000000 0.21000000 4.04800000 H(PDBName=H8A,ResName=UNK,ResNum=1) 5.97500000 1.07300000 4.31200000 1 3 2.0 2 3 1.5 5 1.0 3 4 1.0 4 9 2.0 17 1.5 5 6 1.0 7 1.0 8 1.0 6 7 8 9 10 1.0 11 1.5 10 11 12 1.0 13 1.5 12 13 14 1.0 15 1.5 14 15 16 1.0 17 1.5 16 17 18 1.0 18 D 17 4 3 1 F ============================== |
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3楼2012-09-12 02:26:38
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