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青苹果QT

金虫 (小有名气)

[求助] PCR

用拟南芥基因组PCR启动子,为什么批出来什么都没有呢????
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merryyiyi

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小丹木木: 金币+5, MolEPI+1, 真的很热心啊 2012-09-11 16:01:24
PCR扩增不出或者是扩增效率低,模板制备方面主要是下列的影响因素:
(1) RT-PCR:请注意,很多基因通过常规RT –PCR方法是很难不增出来的。 RT- PCR成功的关键在于RT的反应的RNA质量和目标基因在特定组织和细胞中含量。
(2)从基因组中扩增:一般情况下,基因在基因组中都是单拷贝,基因组作为模板需要严格控制用量。基因组DNA过高,会影响反应体系中的Mg和pH。

PCR扩增不出或者是扩增效率低,扩增实验方面主要是下列的影响因素:
1)        反应条件不佳:不是最佳反应条件。可重新设计引物,适当调整退火温度,增加镁离子浓度,采用touchdown,或巢式PCR的方法等;
2)        反应循环数不够:一般都要在 35 个循环以上,可根据实验情况增加循环,但高于45个循环会增加过多的背景信号;
3)        PCR各种反应成分的降解或加样量不够:
a.        引物降解:可通过PAGE电泳检测其完整性;
b.        引物设计不佳:重新设计,尽可能避免二聚体和发夹结构等异常情况的出现;
c.        模板量少:对未知浓度的样品应从系列稀释样品的最高浓度做起;
d.        模板降解:避免样品制备中杂质的引入以及模板反复冻融的情况发生;
e.        模板中存在抑制物:一般为模板中引入,应先把模板适当稀释,再加入到体系中,减少抑制物的影响。
4)        扩增产物片段过长:一般采用 200-1500bp 的扩增长度

PCR扩增不好的因素很多,上述是汇总的常见影响因素,需要您多方面考虑分析,最好在实验时设置对照来判定原因。如果核查排查了实验过程仍无法发现可能的问题。
2楼2012-09-11 15:32:36
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普通回帖

gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
楼上说的很齐全,最常见的一个是模版问题,另一个就是你的程序和体系问题,你可以用通用引物做对照看一下是哪里的问题!
持之以恒、永不放弃!
3楼2012-09-11 18:24:42
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