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[求助]
散金20求帮忙设计兼并引物
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有哪位虫友会用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物，散金20求帮助帮忙设计几对引物。（自己之前试着设计了一下，效果都不好），所以想请教高手。 我需要克隆一个酰胺酶，目前知道能催化我的底物的菌种的酰胺酶有两种（下述A,B），但导师让我做的菌种中有该酶的活性，但是这种菌的全基因组不知道，与A，B的同源性相差甚远。以下C,D,E,F,G••••••是我根据A为模版blast后的酰胺酶序列，从中挑选的与我手中的菌都属于同一纲的菌，同源性从高到低排列的，但和A的相似性很低。 http://www.kazusa.or.jp/codon/cg ... robacterium&c=s是我所要从中克隆的菌种的密码子偏好性表。 下面我把这些菌的酰胺酶基因上传上去，能否花费您写时间帮我看看，因为之前设计了几次，效果不是很好。 >A: 1 mgiklptled lreiskqfnl dledeelksf lqllklqles yerldslpdy tprvkyqrtl 61 grppmkeenp ygalvwitsi kgkeegklkg kricikdnvm iagipmlngs kmlegfvphm 121 datvvsrild eageivaktt cedlcfsggs htsypwpvln prnpeymagg sssgsavava 181 sgycdmavgg dqggsirips swvgiyglkp thglvpytga fsieptldhl gpmantvkdv 241 allleviagr deldsrqpds lppppvkpys klidgdvkdm kvgivkegfn wsnsekdvde 301 lvldsakkle dygikvedts iplhrmgldi wtpiaiegat atmilgsgvg wgrkglfetq 361 iadffgnslk srardlpntv kgvlmlgylm ikmynnryya karnlsivlk eaydsalrky 421 dalimpttpm kamryksepg fdeyfimalg minntapfdv tghpamnipv gysnglpvgl 481 miigrhfeed kvlklanvfe rikk >B: 1 mtvvlptpaq lldvakqcgl sltdadvasf rglmqgsida ynlvgampde lpevkyprtp 61 gyrpspeenp rnawyrkstv kgaasgklkg ktvalkdnim lagvpmmngs atlegyvpdf 121 dativtrmld agaeiagkvh cesfcmsggs htgavgavhn phkmgysagg sssgsgvvva 181 lgevdmaigg dqggsirmps sfcgtygmkp twglvpytgi mpieifvdht gpmtatvadn 241 alllevlagd dgydprikap kveeytkalg qgvkgmkigi lkegfeqpta eaavnesvre 301 aakrfkdlga tvetvsipmh mvgpaiwtpi gtegmtqtmm ygdgyglsrs dlystslmdf 361 hrgwrrqads lsettklfll lgtyinnsfg pryygkalni srrltaaydk afgeydllll 421 pttpmkatkl peptasredy varalemian tapfdithhp aislpcgmvd glpvglmlvg 481 rmfeestiyr aahafeqigd wkkm >C: 1 msiqppdlaa fakaavdgel gikesdlaay haaaegllgs wrtveelyse iapiapkrsw 61 srpaagdngl gawsvqtqlq evssgplagr tvvikdnvsv agvpmmngsr tlegfvpsed 121 atvvtrllga gativgkavc edlcfsggsh tskpgpvrnp wnhahasggs ssgsgalvaa 181 gevdmaiggd qggsiripaa fcgvvghkpt hglvpytggf pieqsidhlg pitrtvtdaa 241 lmlsviagrd ekdprqpdri dpvdyvaalg esakglrvgv vtegfgrens epevddtvrs 301 avetlrsvgl qaadvsipwh lyggalwdvl ategglsqmi dgnaygmnwk ghydpqliey 361 ygrkwrsdps mfsetvklvi 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bupashibai
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【答案】应助回帖
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucc ... 886&strand=true 建议你从mRNA序列直接找好了，通过密码子偏好找，不如直接找mRNA编码序列来的容易。上面链接是我从NCBI上找到了，A菌的mRNA序列。你先参考一下！ |
2楼2012-09-02 17:16:11
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bupashibai
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