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crystallynn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
10楼: Originally posted by baby1987 at 2012-09-01 13:42:04
第一轮空白是因为PCR反应条件的关系,小片段没有竞争优势,或者温度不适合引物扩增。你做阴性对照的目的是什么?

什么是小片段没有竞争优势啊?退火温度,都是实验室总结出来的,应该没有什么问题。
11楼2012-09-03 22:22:42
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baby1987

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by crystallynn at 2012-09-03 22:22:42
什么是小片段没有竞争优势啊?退火温度,都是实验室总结出来的,应该没有什么问题。...

就是第一轮PCR退火温度还有延伸时间,都不利于短片段扩增,第二轮短片段有扩增优势啊。你的实验条件怎么可以用实验室总结出来的,个人差异还是挺大的。
加油。
12楼2012-09-03 23:16:22
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huguangdong

至尊木虫 (职业作家)

★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励热心的虫虫 2012-09-04 13:45:28
我以前做巢式PCR也遇见过这种问题,把所有东西换了也出现这种情况,可能有两个原因:
1 由于巢式PCR高灵敏度和高特异性,模板中稍微一点点的污染都会扩增出条带,这在加样过程中由于我们看不见的液体飞溅而导致这种污染,这种就是加样时小心又小心,最好是预混所有溶液后再加样,戴手套操作。
2 你的内引物设计不够合理,本身存在很多缺陷,就会莫名其妙扩增出相应条带,这种是很难用一般理论去解释的,只能做到进一步优化引物。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

13楼2012-09-04 11:26:57
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cxb-abc

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
小丹木木: 金币+3, 很好的建议哦 2012-09-05 13:52:44
crystallynn: 金币+2, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 22:50:54
个人认为不是引物的问题:
建议:1,重新换新的东西,包括DNA。
      2,第一轮和第二轮在不同操作环境下操作。
      3,每次操作前,先配体系,再稀释模板。
      4,过程中轻轻把枪头打到专用水盒中,以免污染空气。
      5,买专用枪头(里面加一层滤膜),加样不会污染枪腔。我一开始用2.5 effendof 枪5只,最后还是避免不了。你按照我说的试一试。祝好运
14楼2012-09-04 17:41:46
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

建议第二轮退火温度升高一点,如果阴性对照还是有和目的条带同样大小的带,就都回收测序吧!
持之以恒、永不放弃!
15楼2012-09-04 18:42:55
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gwd0312

木虫 (正式写手)

“无冕之王”

【答案】应助回帖

建议第二轮退火温度升高一点,如果阴性对照还是有和目的条带同样大小的带,就都回收测序吧!
持之以恒、永不放弃!
16楼2012-09-04 19:00:15
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crystallynn

新虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
13楼: Originally posted by huguangdong at 2012-09-04 11:26:57
我以前做巢式PCR也遇见过这种问题,把所有东西换了也出现这种情况,可能有两个原因:
1 由于巢式PCR高灵敏度和高特异性,模板中稍微一点点的污染都会扩增出条带,这在加样过程中由于我们看不见的液体飞溅而导致这种 ...

嗯好的,谢谢指教。
17楼2012-09-05 21:22:05
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crystallynn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
14楼: Originally posted by cxb-abc at 2012-09-04 17:41:46
个人认为不是引物的问题:
建议:1,重新换新的东西,包括DNA。
      2,第一轮和第二轮在不同操作环境下操作。
      3,每次操作前,先配体系,再稀释模板。
      4,过程中轻轻把枪头打到专用水盒中,以免 ...

嗯谢谢。
18楼2012-09-05 21:22:41
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crystallynn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
16楼: Originally posted by gwd0312 at 2012-09-04 19:00:15
建议第二轮退火温度升高一点,如果阴性对照还是有和目的条带同样大小的带,就都回收测序吧!

好的谢谢、
19楼2012-09-05 21:23:04
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一休great

铁虫 (初入文坛)

前辈你好,我现在的实验中也出现了相同的问题。第一轮PCR的阴性对照没有条带,再以此为模板进行第二轮PCR时就有条带了,和目的条带一样。但是在第二轮时另外做的一个不加模板的空白对照就没有条带。请问,你最后是怎么解决这个问题的
奋斗
20楼2014-03-04 20:53:46
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