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书万里木虫 (著名写手)
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这段话怎么理解？（来自MS帮助文件）
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At present, you must check the Fix fractional position checkbox on the Atom tab of the Edit Constraints dialog in order to apply fixed atom constraints in CASTEP. This has the effect of fixing both fractional and Cartesian positions in a fixed cell calculation, and fixing Cartesian positions in a variable cell run. In the current version of Materials Studio, checking the Fix Cartesian position checkbox has no effect on CASTEP calculations.（这段话在castep部分） 第一句和第三句我能理解，就是说fix cartesian position复选框在我这个MS版本没有用，而固定原子一般用fix fractional position。 问题1：第二句是什么意思？fixed cell calculation和a variable cell run具体是指的什么情况？ 问题2:关于分数坐标和笛卡尔坐标在晶胞表示中都有什么用处？怎样得出一个原子的分数坐标？ |
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wzbhit
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问题1. 直译:在你进行fixed cell calculation时，勾选Fix fractional position可以完全fix 原子 fratction和Cartesion都不发生变化。fixed cell calculation应该指固定原子坐标和晶格常数，a variable cell run指固定原子坐标，优化晶格常数。 问题2. 不清楚两者有什么比较特别的不同用处。都可以表示原子在晶格中的位置，可能不同领域或者个人有不同的选用喜欢。分数坐标就是0~1之间分数取值来表示晶胞中的原子坐标（有点归一化的意思），笛卡尔坐标值是0~(a,b,c) abc分别为晶格常数。关于笛卡尔坐标分数坐标的转换castep的help里面有好像介绍。原子分数坐标可从文献以及ICSD中获得，搞晶体的人基本的工作就是确定晶体结构以及原子坐标，做计算的人来做确定原子坐标的工作比较少见吧 |
5楼2012-08-30 15:30:47
seagrove
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2楼2012-08-30 13:10:53
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3楼2012-08-30 14:02:48
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我也是一肚子问题啊4楼2012-08-30 15:13:00
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7楼2012-08-30 15:59:14
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这里的fix cell calculation应该理解为在对一个表面模型（slab+vacuum）时优化时，固定底部原子坐标和固定晶格常数，仅优化表面几层原子坐标。 分数坐标很好理解啊，就是2楼说的是相对值，(x,y,z)相对值指的是原子某轴方向上(x,y,z)笛卡尔值/该轴方向的晶格常数(a,b,c)。再通俗的说，分数坐标相当于在一个边长为1cubic box里面放置原子，此时原子的坐标指可理解为分数坐标（貌似不太恰当的类比，哈哈） 当原子在(001)(010)(100)面上的时候，可能为1,但一般由于对称性，原子的坐标一般都在[0,1)之间 |
9楼2012-08-30 18:01:04
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