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ArthurFSun

铁虫 (小有名气)

[求助] 第二次预平衡的输入文件

在NAMD第一次预平衡结束后, 得出了一系列输出文件,包括:
.log
.coor
.vel
.xsc
.dcd
.restart.coor
.restart.vel
.restart.xsc
.restart.coor.old

请问这些文件在继续跑第二次预平衡时还需要用到吗?是要写入conf文件吗? 具体在conf文件中怎么写呢?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-08-28 08:59:53
首先问你个问题:
1、这些文件是什么意思?存储的是什么内容?你了解了吗?
2、模拟中你需要输入哪些初始参数?
继续跑就是接着上一次的模拟最后的结果,继续向下模拟。
一般就用
.coor
.vel
.xsc
仔细看看手册就知道在配置文件中如何写了
2楼2012-08-28 08:33:50
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leewz922

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+5, 赞,讲解的很详细 2012-08-28 16:15:03
.restart.coor
  .restart.vel
.restart.xsc
这三个要用到,对应的conf文件中命令
BinCoordinates  
BinVelocities     
extendedSystem
还有,把第一次平衡中设置的温度参数去掉。
3楼2012-08-28 16:00:00
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