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【求助】gulp中改变温度，晶格常数没变？
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1.请教一下大家：我在gulp输入文件中改变温度，为什么相应的晶格常数没有变化？ 输入文件如下： conp opti prop comp cell 4.000000 4.000000 4.000000 90.000000 90.000000 90.000000 fractional 4 Ni core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 species Ni core 0.000 pressure 0.0 temperature 300.0 manybody Ni core Ni core 0.0 12.0 eam_functional square_root Ni core 1.000 eam_density power 6 Ni core 729.6928296 lennard 9 6 Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0 dump example17.grs 发现temperature随便改为多少，得到的晶格常数都没变？望高手指点指点。我是新手，所以很多不明白！谢谢大家！ 2.跑MD是出现以下错误，不知调哪些参数可以解决，试调整了MD相关参数，还是有此错误！ !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! |
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 天地灵气，日月精华 | gulp |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-02-24 13:33:37
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-02-24 13:33:37
你好。昨晚我用你的输入文件作了测试，好像确实有问题。我另换了Johnson势函数，也改过几次控温参数，均发现有问题，有时候是温度，有时候是压力。但这样的问题对于晶体的模拟是不该出现的，我一时也看不出是程序有Bug还是输入有问题。 你用的Sutton-Chen势太长了，运行很慢，我没有时间继续测试下去，我建议在找到问题症结之前，你先把Gulp程序中的mxmdtemp参数增大，在initial.f90中找到 rmdmaxtemp = 100.0_dp， 把100改为1000，这样容错性就好一些。注意改后要重新编译生成新的可执行文件。 但如果这样还是有问题，那就真的是不好办了。另外，请你打开mdprop.f90这个文件，找到大约127行处，有如下代码： if (tempratio.gt.rmdmaxtemp) then call outerror('temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp',0_i4) call gulpfinish endif 你还可以在call gulpfinish 这一句之前（即call outerror这一句之后），添加如下代码： write(ioout,'('' ** Time : '',f18.5,'' ps :'')') nsteps*tstep(ncf) write(ioout,*) 'temperature, targettemperature, tempratio:' write(ioout,*) temperature, targettemperature, tempratio 改后要重新编译。这个是在出错的时候输出错在什么地方。这一句对改错是没什么用的，只是弄明白错的程度有多大，如果输出的tempratio不是特别大（比如你前面设的rmdmaxtemp是1000，这里 输出的tempratio是1020）你就可以再加大rmdmaxtemp，比如设成1200之类，如果tempratio大得很，比如2000，3000之类，你就没有必要再搞了，肯定问题很大。 再一个你的输入文件太麻烦了。对FCC金属，可以这样写： nosy cart md conp cell 4.09 4.09 4.09 90.000000 90.000000 90.000000 frac Ag 0.0 0.0 0.0 Ag 0.5 0.0 0.5 Ag 0.5 0.5 0.0 Ag 0.0 0.5 0.5 supercell 7 7 7 libr suttonchen 下面就是pressure=0这些，是你的MD控制参数。 这样你换其它FCC体系也容易，只要改晶格参数、元素名就可以了。suttonchen势是在Gulp的势函数库当中的。用的时候把Libraries中的suttonchen.lib拷到当前运行目录下。用7*7*7的晶格也太大了，大概256或500个，对于晶格优化也就差不多了，864也可以。时间步数大概0.001ps就够了。你对金属Ag，应该在熔点以下运行，温度不要太高。 当然输入文件的写入是小事，关键还是温度控不住的情况比较烦人。而且一般是突然发生的错误。实在不行你可以给程序作者发Email，说说这个问题，这个作者Julian Gale是个很好、很有耐心的人。要不就换DLPOLY做MD吧，DLPOLY计算MD专业一点。呵呵呵。 |
18楼2011-02-23 09:18:46
2楼2011-01-07 12:16:07
3楼2011-01-07 17:27:10
4楼2011-01-07 17:39:48
5楼2011-01-07 18:35:00
6楼2011-01-07 19:11:23
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我试了用MD，改变温度有影响，但出现上面第二个错误，即： !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 要不就是： !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : volume has exceeded maximum allowed set by mdmaxvolume !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 动力学跑不完，还请指教！ [ Last edited by lchunmei001 on 2011-1-7 at 20:32 ] |
7楼2011-01-07 19:18:19
8楼2011-01-08 11:00:32
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再请教老虎大王：我也按你上面说的，增加体系的原子数（1300多个）或减小时间步长，在低温下确实可以解决上面出现的两个错误，但温度稍微高些（如1500K以上），又出现以下错误。 !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 动力学跑不完。还请再指点指点，谢谢！ |
9楼2011-02-17 10:49:47
10楼2011-02-18 21:53:25
11楼2011-02-19 18:29:53
12楼2011-02-22 13:13:34
13楼2011-02-22 13:14:43
14楼2011-02-22 14:06:03
15楼2011-02-22 16:18:32
省那些坐标干什么？保密么？16楼2011-02-22 17:06:09
17楼2011-02-22 19:20:33
19楼2011-02-23 09:48:29
20楼2014-02-24 19:37:47
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-25 11:26:27
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-25 11:26:27
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用准简谐近似（QHA）的方法考虑温度效应，注意温度不要达到1/2熔点，不然非谐效应主导，用准简谐近似无法算准： conp free prop comp cell 4.000000 4.000000 4.000000 90.000000 90.000000 90.000000 fractional 4 Ni core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000 Ni core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000 species Ni core 0.000 pressure 0.0 temperature 300.0 shrink 10 10 10 manybody Ni core Ni core 0.0 12.0 eam_functional square_root Ni core 1.000 eam_density power 6 Ni core 729.6928296 lennard 9 6 Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0 dump example17.grs |
21楼2014-02-25 06:02:40
22楼2014-02-25 16:46:47
23楼2014-03-03 14:14:08
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27楼2014-03-11 09:28:03
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