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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » ME/Gulp » 【求助】gulp中改变温度，晶格常数没变？
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lchunmei001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gulp中改变温度，晶格常数没变？

1.请教一下大家：我在gulp输入文件中改变温度，为什么相应的晶格常数没有变化？
输入文件如下：
conp opti  prop comp  
cell
4.000000   4.000000   4.000000  90.000000  90.000000  90.000000
fractional    4
Ni    core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
species
Ni core  0.000
pressure  0.0
temperature  300.0
manybody
Ni core Ni core  0.0 12.0
eam_functional square_root
Ni core  1.000
eam_density power 6
Ni core   729.6928296
lennard 9 6
Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0
dump example17.grs

发现temperature随便改为多少，得到的晶格常数都没变？望高手指点指点。我是新手，所以很多不明白！谢谢大家！

2.跑MD是出现以下错误，不知调哪些参数可以解决，试调整了MD相关参数，还是有此错误！
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
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1楼 2011-01-05 22:25:01
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-02-24 13:33:37
你好。昨晚我用你的输入文件作了测试，好像确实有问题。我另换了Johnson势函数，也改过几次控温参数，均发现有问题，有时候是温度，有时候是压力。但这样的问题对于晶体的模拟是不该出现的，我一时也看不出是程序有Bug还是输入有问题。

你用的Sutton-Chen势太长了，运行很慢，我没有时间继续测试下去，我建议在找到问题症结之前，你先把Gulp程序中的mxmdtemp参数增大，在initial.f90中找到
rmdmaxtemp = 100.0_dp，
把100改为1000，这样容错性就好一些。注意改后要重新编译生成新的可执行文件。
但如果这样还是有问题，那就真的是不好办了。另外，请你打开mdprop.f90这个文件，找到大约127行处，有如下代码：
  if (tempratio.gt.rmdmaxtemp) then
    call outerror('temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp',0_i4)
    call gulpfinish
  endif

你还可以在call gulpfinish 这一句之前（即call outerror这一句之后），添加如下代码：
     write(ioout,'(''  ** Time : '',f18.5,'' ps :'')') nsteps*tstep(ncf)
     write(ioout,*) 'temperature, targettemperature, tempratio:'
     write(ioout,*) temperature, targettemperature, tempratio

改后要重新编译。这个是在出错的时候输出错在什么地方。这一句对改错是没什么用的，只是弄明白错的程度有多大，如果输出的tempratio不是特别大（比如你前面设的rmdmaxtemp是1000，这里 输出的tempratio是1020）你就可以再加大rmdmaxtemp，比如设成1200之类，如果tempratio大得很，比如2000，3000之类，你就没有必要再搞了，肯定问题很大。

再一个你的输入文件太麻烦了。对FCC金属，可以这样写：
nosy cart md conp
cell
4.09  4.09  4.09  90.000000  90.000000  90.000000   
frac
Ag 0.0  0.0  0.0
Ag 0.5  0.0  0.5
Ag 0.5  0.5  0.0
Ag 0.0  0.5  0.5
supercell  7 7 7
libr  suttonchen
下面就是pressure=0这些，是你的MD控制参数。
这样你换其它FCC体系也容易，只要改晶格参数、元素名就可以了。suttonchen势是在Gulp的势函数库当中的。用的时候把Libraries中的suttonchen.lib拷到当前运行目录下。用7*7*7的晶格也太大了，大概256或500个，对于晶格优化也就差不多了，864也可以。时间步数大概0.001ps就够了。你对金属Ag，应该在熔点以下运行，温度不要太高。

当然输入文件的写入是小事，关键还是温度控不住的情况比较烦人。而且一般是突然发生的错误。实在不行你可以给程序作者发Email，说说这个问题，这个作者Julian Gale是个很好、很有耐心的人。要不就换DLPOLY做MD吧，DLPOLY计算MD专业一点。呵呵呵。
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18楼2011-02-23 09:18:46
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普通回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)
lchunmei001(金币+5): 2011-01-07 17:24:47
lchunmei001(金币+5): 2011-01-07 19:55:37
你这样只是用势函数来优化，温度是不起作用的。
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2楼2011-01-07 12:16:07
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
不太明白，因为之前我试另外一个体系的时候就会变（输入控制参数同上，就体系和势不同），还请更详细地指点指点！或者说：针对上面这个输入，怎样修改才会变？谢谢！

[ Last edited by lchunmei001 on 2011-1-7 at 17:33 ]
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3楼2011-01-07 17:27:10
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-02-18 22:59:05
这样优化，晶格常数应该不会随温度而变化的。你可以用模拟的办法。
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4楼2011-01-07 17:39:48
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
你是说用MD吗？
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5楼2011-01-07 18:35:00
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老虎大王

木虫 (著名写手)
Md,MC都可以的。
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6楼2011-01-07 19:11:23
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
我试了用MD，改变温度有影响，但出现上面第二个错误，即：
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

要不就是：

!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : volume has exceeded maximum allowed set by mdmaxvolume
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
动力学跑不完，还请指教！

[ Last edited by lchunmei001 on 2011-1-7 at 20:32 ]
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7楼2011-01-07 19:18:19
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3):谢谢 2011-01-08 14:36:25
lchunmei001(金币+5): 2011-01-08 15:22:32
第一，你的时间步长可能搞大了，可以搞小一点。
第二，你的体系可能太小了，MD运算，要多用一些原子，至少也要几百上千个原子吧。
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8楼2011-01-08 11:00:32
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
再请教老虎大王：我也按你上面说的，增加体系的原子数（1300多个）或减小时间步长，在低温下确实可以解决上面出现的两个错误，但温度稍微高些（如1500K以上），又出现以下错误。
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
!! ERROR : temperature has exceeded maximum allowed set by mdmaxtemp
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
动力学跑不完。还请再指点指点，谢谢！
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9楼2011-02-17 10:49:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)

请你把你的输入文件贴出来。我帮你看看。
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10楼2011-02-18 21:53:25
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
内容已删除
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11楼2011-02-19 18:29:53
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-22 15:59:18
lchunmei001(金币+4): 2011-02-22 16:19:20

有没有必要做到2000K呢？这个温度下Ag早就化了。
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12楼2011-02-22 13:13:34
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-02-24 13:32:53

当然，你一定要算2000K的液态也是可以的，不该出错的。我先看看吧，不一定能解决得了。呵呵。
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13楼2011-02-22 13:14:43
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32531400

木虫 (知名作家)
★
lchunmei001(金币+1):谢谢参与

············祝你找到答案···
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14楼2011-02-22 14:06:03
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lchunmei001

木虫 (正式写手)

我之前算的Ni，也是1000多K就不能算，所以试了试这一系列的金属，有些没到熔点也算不了，只不过这里给的Ag，因为这两天刚好试这个。
还请老虎大王指点指点！
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15楼2011-02-22 16:18:32
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-24 13:33:05
文件不完整，没法给你试啊。 省那些坐标干什么？保密么？

[ Last edited by 老虎大王 on 2011-2-22 at 17:07 ]
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16楼2011-02-22 17:06:09
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
最下面有源文件，后来加上了，太多了。呵呵

[ Last edited by lchunmei001 on 2011-2-22 at 19:21 ]
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17楼2011-02-22 19:20:33
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lchunmei001

木虫 (正式写手)
非常感谢老虎大王的指点，就这个问题是在让你费心了，谢谢！我再试试看，实在不行也没法了！
再次感谢！
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19楼2011-02-23 09:48:29
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ytudou

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-25 11:26:23
引用回帖:
10楼: Originally posted by 老虎大王 at 2011-02-18 21:53:25
请你把你的输入文件贴出来。我帮你看看。

大王~用gulp跑geometry optimization出现 error：memory allocation failed，是什么原因啊？
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20楼2014-02-24 19:37:47
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oxox6085

专家顾问 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-25 11:26:27
用准简谐近似（QHA）的方法考虑温度效应，注意温度不要达到1/2熔点，不然非谐效应主导，用准简谐近似无法算准：

conp free  prop comp
cell
4.000000   4.000000   4.000000  90.000000  90.000000  90.000000
fractional    4
Ni    core 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.0000000 0.5000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.5000000 0.0000000 0.5000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
Ni    core 0.5000000 0.5000000 0.0000000 0.00000000 1.0000 0.00000              
species
Ni core  0.000
pressure  0.0
temperature  300.0
shrink 10 10 10
manybody
Ni core Ni core  0.0 12.0
eam_functional square_root
Ni core  1.000
eam_density power 6
Ni core   729.6928296
lennard 9 6
Ni core Ni core 1303.09841 0.0 0.0 12.0
dump example17.grs
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21楼2014-02-25 06:02:40
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-25 18:26:37
引用回帖:
18楼: Originally posted by 老虎大王 at 2011-02-23 09:18:46
你好。昨晚我用你的输入文件作了测试，好像确实有问题。我另换了Johnson势函数，也改过几次控温参数，均发现有问题，有时候是温度，有时候是压力。但这样的问题对于晶体的模拟是不该出现的，我一时也看不出是程序有 ...

老虎大王，您好！我在运行GULP中也遇到了这种error。您说可以改大参数，请问initial.f90在哪找这个文件呢？ 如何再重新编译生成新的可执行文件呢？？
问题比较低级，见谅！！
非常感谢！
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22楼2014-02-25 16:46:47
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老虎大王

木虫 (著名写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by jiafeimao236 at 2014-02-25 16:46:47
老虎大王，您好！我在运行GULP中也遇到了这种error。您说可以改大参数，请问initial.f90在哪找这个文件呢？ 如何再重新编译生成新的可执行文件呢？？
问题比较低级，见谅！！
非常感谢！...

在Src目录里面。
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23楼2014-03-03 14:14:08
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
23楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-03-03 14:14:08
在Src目录里面。...

我用的是MS软件，，，，，这个在哪找呢？？
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24楼2014-03-03 16:43:48
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
24楼: Originally posted by jiafeimao236 at 2014-03-03 16:43:48
我用的是MS软件，，，，，这个在哪找呢？？...

那我就没法办了。。。其实改了也不一定有用。温度控不住的话，一般可能是初始构型有问题，或者是势函数有问题。
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25楼2014-03-05 19:47:58
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jiafeimao236

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by 老虎大王 at 2014-03-05 19:47:58
那我就没法办了。。。其实改了也不一定有用。温度控不住的话，一般可能是初始构型有问题，或者是势函数有问题。...

初始构型，需要跟实际完全一致吗？比如我想建c20的烃类分子，我用C4分子连接，可以不？
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26楼2014-03-05 22:51:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
26楼: Originally posted by jiafeimao236 at 2014-03-05 22:51:33
初始构型，需要跟实际完全一致吗？比如我想建c20的烃类分子，我用C4分子连接，可以不？...

这个只能说是试试看吧。分子内和分子间的部分都要注意。
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27楼2014-03-11 09:28:03
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2018zyl

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你好，请问问题解决了吗，我最近也遇到了这个问题

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28楼2018-12-12 17:56:04
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