| 查看: 665 | 回复: 2 | |||
cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
|
[求助]
MuSic的分子文件怎么生成？
|
|
MuSic的分子文件，特别是吸附剂的结构，这个文件跟常见的.mol文件的结构不一样，分子的原子也是自己定义的（不同于规范的元素符号）。 如果从MS生成，中间转化格式是自己写脚本吗？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 多孔材料 |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急
已经有5人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有3人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有4人回复
-
售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教一下，如何确定具体分子式，最好有详细步骤，还有生成CIF文件的问题
已经有7人回复
- Windows下编译安装MuSic code
已经有22人回复
- 【求助】MUSIC的MD模块计算甲烷在IRMOF-1上的扩散系数
已经有11人回复
- 【讨论】最新的dlfield能够生成DL_POLY的field文件，大家用过吗？
已经有17人回复
- 【求助】CuBTC MOF + CO2 MuSiC 问题
已经有101人回复
- 【求助】如何生成聚乙烯的psf文件
已经有11人回复
- 【求助】psf文件的生成
已经有19人回复
- 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??
已经有98人回复
ghcacj
荣誉版主 (著名写手)
阿超
- 模拟EPI: 16
- 应助: 26 (小学生)
- 贵宾: 2.764
- 金币: 2543.5
- 散金: 8899
- 红花: 35
- 沙发: 3
- 帖子: 1376
- 在线: 1199小时
- 虫号: 513281
- 注册: 2008-02-27
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2012-08-20 12:42:36
|
不知道为何，我这MUSIC 对MOL的数据格式要的很死，自己开始手动处理的总是出问题。后来用LAMMPS 实现了输出文件。 1，用msi2lmp 工具将 .cor 文件导入 lammps 这个很多帖子有提到，我的经验是不用改程序，in文件 atom _style 设置为full 就行了。bond 和 angle 类型都用 弹簧模型。其他的可以删掉。在LAMMPS 里面可以对够型进行 2，lammps 输出文件。详细的研究了下 dump 命令和music 的分子文件。 read_restart restart.MCM41 timestep 0.0001 thermo 10 fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 dump 3 all custom 1 MCM_41.mol id x y z element q id id dump_modify 3 element Si_Zeolite O_Zeolite O_Zeolite H_Zeolite dump_modify 3 format "%5d %9.5g %9.5g %9.5g %14s %9.5g 0 0" run 0 大致就是这样了。。 |
3楼2012-10-25 09:21:25
