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cenwanglai荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
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[求助]
MuSic的分子文件怎么生成？
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MuSic的分子文件，特别是吸附剂的结构，这个文件跟常见的.mol文件的结构不一样，分子的原子也是自己定义的（不同于规范的元素符号）。 如果从MS生成，中间转化格式是自己写脚本吗？ |
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 多孔材料 |
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ghcacj
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阿超
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2楼2012-08-20 12:42:36
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不知道为何，我这MUSIC 对MOL的数据格式要的很死，自己开始手动处理的总是出问题。后来用LAMMPS 实现了输出文件。 1，用msi2lmp 工具将 .cor 文件导入 lammps 这个很多帖子有提到，我的经验是不用改程序，in文件 atom _style 设置为full 就行了。bond 和 angle 类型都用 弹簧模型。其他的可以删掉。在LAMMPS 里面可以对够型进行 2，lammps 输出文件。详细的研究了下 dump 命令和music 的分子文件。 read_restart restart.MCM41 timestep 0.0001 thermo 10 fix 1 all nvt temp 300 300 0.1 dump 3 all custom 1 MCM_41.mol id x y z element q id id dump_modify 3 element Si_Zeolite O_Zeolite O_Zeolite H_Zeolite dump_modify 3 format "%5d %9.5g %9.5g %9.5g %14s %9.5g 0 0" run 0 大致就是这样了。。 |
3楼2012-10-25 09:21:25