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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

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[求助] MuSic post处理结果出错


看下面第一个图最后两行:Species is not big enough to read the information in the datafile, The calling program shoud allocate more memory for species structre.
这是什么意思呢?如何克服?这个例子是CH4在IRMOF1上吸附的例子。
下面这个图中Age of datafile这一部分是否应该保留呢?看ghcacj的连载文档上没有提到这部分。



@ghcacj

[ Last edited by cenwanglai on 2012-8-15 at 23:45 ]
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

重新设置了post.ctr,重新跑了一遍。
得到下面的结果~。提示说误差太大~


2楼2012-08-16 00:03:00
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)


uuv2010: 金币+1, 欢迎讨论 2012-08-17 15:42:23
没用过这个不过打算学,这个软件主要是用来做那些计算的?
心之所向无惧无悔
3楼2012-08-16 10:12:09
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

引用回帖:
3楼: Originally posted by sunyang1988 at 2012-08-16 10:12:09
没用过这个不过打算学,这个软件主要是用来做那些计算的?

经验力场MD, MC.
吸附,扩散。
4楼2012-08-16 10:20:01
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)


uuv2010: 金币+1, 欢迎讨论 2012-08-17 15:42:30
引用回帖:
4楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-08-16 10:20:01
经验力场MD, MC.
吸附,扩散。...

经验力场势函数从哪里来,难不难上手
心之所向无惧无悔
5楼2012-08-16 11:20:06
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

引用回帖:
5楼: Originally posted by sunyang1988 at 2012-08-16 11:20:06
经验力场势函数从哪里来,难不难上手...

我知道可以参考发表的文献。

没有力场参数的,自己如何生成参数,这个套路我不清楚~
6楼2012-08-17 15:32:35
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ghcacj

荣誉版主 (著名写手)

阿超

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
cenwanglai: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 嗯。直接删掉之即可。 2012-08-20 12:49:33
引用回帖:
2楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-08-16 00:03:00
重新设置了post.ctr,重新跑了一遍。
得到下面的结果~。提示说误差太大~
3e/ae/537452_1345046532_855.png

这里误差太大,是指Music程序对你的吸附等温线拟合误差太大,这个是正常的,话说我做了这么多条等温线,似乎每一次说误差不大的。因为它采用的Langmuir等温线,对于很多吸附剂,都不是很适合。
你只要关注你做出的吸附量与文献中相同的例子是否吻合即可。
至于那个Age of data,这个是已经废弃掉的选项,在老版本的Music中使用过,最新的4.0版本已经不再使用它了。
7楼2012-08-20 12:45:45
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

引用回帖:
7楼: Originally posted by ghcacj at 2012-08-20 12:45:45
这里误差太大,是指Music程序对你的吸附等温线拟合误差太大,这个是正常的,话说我做了这么多条等温线,似乎每一次说误差不大的。因为它采用的Langmuir等温线,对于很多吸附剂,都不是很适合。
你只要关注你做出的 ...

最近看了一些QM/MM的文章。

MuSic现在也能跑起来。希望都能用上~。
8楼2012-08-20 12:50:44
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sunbc0210

新虫 (初入文坛)

楼主那个not big enough to read the information in the datafile的問題是怎麼解決的?
9楼2014-05-09 16:46:06
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sunbc0210

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by sunbc0210 at 2014-05-09 16:46:06
楼主那个not big enough to read the information in the datafile的問題是怎麼解決的?

搞定了,我算得是MIL101, 將近1w個吸附分子。一是增加構形數目config.file, 二是修改src/defaults.F90第154行 INITIAL_SIZE = 3000(改爲20000).
10楼2014-05-10 15:42:39
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