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liuju1216

至尊木虫 (职业作家)

寂寞的忍耐

[求助] 帮忙解决一些晶体问题

1、帮我看看这个晶体是几维什么状结构。
2、这个晶体相互形成氢键的两个分子,形成一个dimer,在dimer中两个咪唑环平行,这里有π-π共轭吗?
3、这个晶体的堆积方式是什么力。除了范德华力还有别的吗?
4、键长,键角和标准比有哪些变化(请给出标准值)?
本人是搞药物合成的,对晶体相关知识一无所知,望各位大侠帮忙啊!很是感谢!我上传了用Hg画的dimer图。


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  • 2012-08-15 09:46:48, 235.19 K

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做合成真好,做有机合成更好...............................
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
liuju1216: 金币+10, 距离一般为多少有π-π作用呢? 2012-08-15 17:24:10
linhua0402313: 金币+1, 感谢参与交流,希望对楼主有帮助 2012-08-16 07:12:24
1、从你画的晶体图看是2维结构。
2、要看两个平行的咪唑环之间的距离,就能判断是否有π-π作用
3、除了范德华力,还有氢键啊
4、键长,键角和标准比有哪些变化,这需要查相关文献或相关数据
2楼2012-08-15 13:46:45
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liuju1216

至尊木虫 (职业作家)

寂寞的忍耐

自己在顶下!!!
做合成真好,做有机合成更好...............................
3楼2012-08-17 11:26:22
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zhangxu184

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
liuju1216: 金币+200, 谢谢!!!! 2012-08-22 17:21:15
linhua0402313: 金币+2, 感谢参与交流,解答的很详细,希望对楼主有帮助 2012-08-23 07:32:17
liuju1216: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-10-25 09:34:58
内容已删除
4楼2012-08-22 16:31:12
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liuju1216

至尊木虫 (职业作家)

寂寞的忍耐

linhua0402313: 感谢参与回帖交流 2012-08-23 07:32:38
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangxu184 at 2012-08-22 16:31:12
1、帮我看看这个晶体是几维什么状结构。
常说的一维二维三维结构是指配合物之间是否通过配位键形成一维二维或者三维无限延伸超分子。
你的化合物指示单个分子,分子间通过氢键 芳环堆积等较弱的作用形成晶体结构。 ...

您好,非常感谢您的帮忙!!还有一些问题需要您帮忙:
第一,我们学校没有CCDC数据库,还麻烦你帮忙查一下。
第二,能否用shelx帮忙做一下您说的N...H和O...H的氢键作用,并给我加到cif文件中。
第三,能够用shelx帮忙作一下π-π共轭堆积图,并且把相关文献给我发一下,谢谢了。
做合成真好,做有机合成更好...............................
5楼2012-08-22 17:20:55
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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linhua0402313: 金币+1, 专家考核, 感谢专家热心参与,希望对楼主有用 2012-08-23 07:33:05
liuju1216: 金币+100, 第一种氢键我的cif里已经有了。 2012-08-23 08:42:50
liuju1216: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-10-25 09:35:15
两种氢键,一种是经典氢键,要考虑,第二种是非经典氢键,一般忽略。
Donor --- H....Acceptor [    ARU  ]      D - H      H...A      D...A  D - H...A
N(3)  --H(3A)  ..N(1)   [  3665.01]  0.903(16)  2.098(17)   2.972(2)  162.7(19)

C(16) --H(16A) ..O(1)   [  3565.01]       0.97       2.37   3.328(3)        170
6楼2012-08-22 22:44:02
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knight1014

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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linhua0402313: 金币+1, 感谢热心参与,希望对楼主有用 2012-08-23 07:33:24
liuju1216: 金币+50 2012-08-23 08:43:48
liuju1216: 金币+50, ★★★很有帮助 2012-10-23 11:13:46
liuju1216: 金币+20 2012-10-25 09:35:26
liuju1216: 金币+20 2012-10-25 09:35:36
咪唑环之间存在着PI-PI堆积作用,质心间的距离为3.74,平面间的距离为3.0936,滑程为2.103. 满足PI-PI堆积的条件,只要咪唑是满足共轭环的要求就没问题了。
7楼2012-08-22 22:59:36
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