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wtianxing银虫 (小有名气)
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[求助]
帮忙看一下求单个Li原子能量的fdf文件是否正确
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在利用siesta计算Li掺杂的过程中，需要计算单个Li的能量。但是在siesta中利用3种方法计算单个Li原子的能量，结果竟然不一样，有经验的帮忙看看，非常感谢。 而且我发现主要差别是由于计算中是否添加晶格常数造成的，不知道LatticeConstant是应该设为1A还是实际的晶格常数。 1.一种方法是建了一个10*10*10的大晶包，然后将Li放在中间位置，利用周期性边界条件进行计算，选择DZP和GGA，具体.fdf文件如下，计算结果为-6.38604ev SystemLabel Li NumberOfAtoms 1 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel %PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 3.436 Ang #box size, which need scale the latticeconstant %block LatticeVectors 10.0000 0.000000 0.000000 0.00000 1 0.00000 0.000000 0.00000 0.000000 10.00000 %endblock LatticeVectors AtomicCoordinatesFormat Fractional #Li position in the midle of modle %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 5.00000 5.000000 5.000000 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies MeshCutoff 200.0 Ry %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.500 0 1 0 0.500 0 0 1 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 10 DM.Tolerance 1.d-4 SolutionMethod diagon ElectronicTemperature 300 K XC.functional GGA XC.authors PBE WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorInitial .true. WriteCoorStep .true. MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 0 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. 2.第二种方法是将原来模型中的其他原子去掉，只剩锂，相当于建了一个大晶包，把Li放在其中，与第一种方法原理应该一样，但是结果为-7.32465 SystemLabel work NumberOfAtoms 1 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 1.0 Ang %block LatticeParameters 21.6804 23.578 15.30271078 90.000000 90.000000 90.000000 %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 12.605130 5.880100 8.131973 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies %block GeometryConstraints #routine constr %endblock GeometryConstraints #---------------------------------------- # Energy control parameters for SCF cycles MeshCutoff 180.0 Ry # Energy cut-off for the planewave %block kgrid_Monkhorst_Pack # k mesh points for integration 1 0 0 0.500 0 1 0 0.500 0 0 4 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 # Max number of scf cycles DM.MixingWeight 0.1 # Mixing weight for the Pulay procedure - see page 151 - DFT lecture DM.NumberPulay 10 # Max number of electronic density kept into memory to build the new guess for the electronic density DM.Tolerance 1.d-4 # Energy convergence criterion for the SCF cycles. In eV. DM.UseSaveDM # Uses the Density Matrix to restart simulations SolutionMethod diagon # Uses the diagon approach for the scf approach. Do not touch. ElectronicTemperature 300 K # Gives the electronic temperature for the population of the Fermi levels. Fermi Dirac distribution function XC.functional GGA XC.authors PBE #--------------------------------------- # Control the files printed WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorStep .true. #--------------------------------------- # Simulation type control MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 300 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. 3。第三种方法是建立了一个含有9个Li原子的模型，计算体系的总能量，然后除以原子个数，得到单个原子能量，结果为-9.235eV。 SystemLabel work NumberOfAtoms 9 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 1.0 Ang %block LatticeParameters 3.50920 3.50920 3.50920 90.000000 90.000000 90.000000 %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.00000 0.00000 0.00000 1 0.00000 0.00000 3.50920 1 3.50920 0.00000 3.50920 1 3.50920 0.00000 0.00000 1 1.75460 1.75460 1.75460 1 0.00000 3.50920 0.00000 1 0.00000 3.50920 3.50920 1 3.50920 3.50920 3.50920 1 3.50920 3.50920 0.00000 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies %block GeometryConstraints #routine constr %endblock GeometryConstraints #---------------------------------------- # Energy control parameters for SCF cycles MeshCutoff 180.0 Ry # Energy cut-off for the planewave %block kgrid_Monkhorst_Pack # k mesh points for integration 4 0 0 0.500 0 4 0 0.500 0 0 4 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 # Max number of scf cycles DM.MixingWeight 0.1 # Mixing weight for the Pulay procedure - see page 151 - DFT lecture DM.NumberPulay 10 # Max number of electronic density kept into memory to build the new guess for the electronic density DM.Tolerance 1.d-4 # Energy convergence criterion for the SCF cycles. In eV. DM.UseSaveDM # Uses the Density Matrix to restart simulations SolutionMethod diagon # Uses the diagon approach for the scf approach. Do not touch. ElectronicTemperature 300 K # Gives the electronic temperature for the population of the Fermi levels. Fermi Dirac distribution function XC.functional GGA XC.authors PBE #--------------------------------------- # Control the files printed WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorStep .true. #--------------------------------------- # Simulation type control MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 300 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. [ Last edited by wtianxing on 2012-8-9 at 11:07 ] |
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wtianxing
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