| 查看: 1056 | 回复: 1 | ||
wtianxing银虫 (小有名气)
|
[求助]
帮忙看一下求单个Li原子能量的fdf文件是否正确
|
|
在利用siesta计算Li掺杂的过程中，需要计算单个Li的能量。但是在siesta中利用3种方法计算单个Li原子的能量，结果竟然不一样，有经验的帮忙看看，非常感谢。 而且我发现主要差别是由于计算中是否添加晶格常数造成的，不知道LatticeConstant是应该设为1A还是实际的晶格常数。 1.一种方法是建了一个10*10*10的大晶包，然后将Li放在中间位置，利用周期性边界条件进行计算，选择DZP和GGA，具体.fdf文件如下，计算结果为-6.38604ev SystemLabel Li NumberOfAtoms 1 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel %PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 3.436 Ang #box size, which need scale the latticeconstant %block LatticeVectors 10.0000 0.000000 0.000000 0.00000 1 0.00000 0.000000 0.00000 0.000000 10.00000 %endblock LatticeVectors AtomicCoordinatesFormat Fractional #Li position in the midle of modle %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 5.00000 5.000000 5.000000 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies MeshCutoff 200.0 Ry %block kgrid_Monkhorst_Pack 1 0 0 0.500 0 1 0 0.500 0 0 1 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 DM.MixingWeight 0.1 DM.NumberPulay 10 DM.Tolerance 1.d-4 SolutionMethod diagon ElectronicTemperature 300 K XC.functional GGA XC.authors PBE WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorInitial .true. WriteCoorStep .true. MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 0 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. 2.第二种方法是将原来模型中的其他原子去掉，只剩锂，相当于建了一个大晶包，把Li放在其中，与第一种方法原理应该一样，但是结果为-7.32465 SystemLabel work NumberOfAtoms 1 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 1.0 Ang %block LatticeParameters 21.6804 23.578 15.30271078 90.000000 90.000000 90.000000 %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 12.605130 5.880100 8.131973 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies %block GeometryConstraints #routine constr %endblock GeometryConstraints #---------------------------------------- # Energy control parameters for SCF cycles MeshCutoff 180.0 Ry # Energy cut-off for the planewave %block kgrid_Monkhorst_Pack # k mesh points for integration 1 0 0 0.500 0 1 0 0.500 0 0 4 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 # Max number of scf cycles DM.MixingWeight 0.1 # Mixing weight for the Pulay procedure - see page 151 - DFT lecture DM.NumberPulay 10 # Max number of electronic density kept into memory to build the new guess for the electronic density DM.Tolerance 1.d-4 # Energy convergence criterion for the SCF cycles. In eV. DM.UseSaveDM # Uses the Density Matrix to restart simulations SolutionMethod diagon # Uses the diagon approach for the scf approach. Do not touch. ElectronicTemperature 300 K # Gives the electronic temperature for the population of the Fermi levels. Fermi Dirac distribution function XC.functional GGA XC.authors PBE #--------------------------------------- # Control the files printed WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorStep .true. #--------------------------------------- # Simulation type control MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 300 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. 3。第三种方法是建立了一个含有9个Li原子的模型，计算体系的总能量，然后除以原子个数，得到单个原子能量，结果为-9.235eV。 SystemLabel work NumberOfAtoms 9 NumberOfSpecies 1 %block ChemicalSpeciesLabel 1 3 Li %endblock ChemicalSpeciesLabel PAO.BasisType split PAO.BasisSize DZP PAO.EnergyShift 0.020000 Ry LatticeConstant 1.0 Ang %block LatticeParameters 3.50920 3.50920 3.50920 90.000000 90.000000 90.000000 %endblock LatticeParameters AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 0.00000 0.00000 0.00000 1 0.00000 0.00000 3.50920 1 3.50920 0.00000 3.50920 1 3.50920 0.00000 0.00000 1 1.75460 1.75460 1.75460 1 0.00000 3.50920 0.00000 1 0.00000 3.50920 3.50920 1 3.50920 3.50920 3.50920 1 3.50920 3.50920 0.00000 1 %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies %block GeometryConstraints #routine constr %endblock GeometryConstraints #---------------------------------------- # Energy control parameters for SCF cycles MeshCutoff 180.0 Ry # Energy cut-off for the planewave %block kgrid_Monkhorst_Pack # k mesh points for integration 4 0 0 0.500 0 4 0 0.500 0 0 4 0.500 %endblock kgrid_Monkhorst_Pack MaxSCFIterations 300 # Max number of scf cycles DM.MixingWeight 0.1 # Mixing weight for the Pulay procedure - see page 151 - DFT lecture DM.NumberPulay 10 # Max number of electronic density kept into memory to build the new guess for the electronic density DM.Tolerance 1.d-4 # Energy convergence criterion for the SCF cycles. In eV. DM.UseSaveDM # Uses the Density Matrix to restart simulations SolutionMethod diagon # Uses the diagon approach for the scf approach. Do not touch. ElectronicTemperature 300 K # Gives the electronic temperature for the population of the Fermi levels. Fermi Dirac distribution function XC.functional GGA XC.authors PBE #--------------------------------------- # Control the files printed WriteKpoints .false. WriteForces .true. WriteCoorXmol .true. WriteCoorCerius .true. WriteCoorStep .true. #--------------------------------------- # Simulation type control MD.TypeOfRun CG MD.NumCGsteps 300 MD.MaxCGDispl 0.15 Ang MD.MaxForceTol 0.010 eV/Ang MD.VariableCell .false. Diag.DivideAndConquer .false. [ Last edited by wtianxing on 2012-8-9 at 11:07 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
河北省自然科学基金
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有8人回复
-
西安交大新媒学院副院长用撤稿论文结题
已经有5人回复
-
论文撤稿了
已经有5人回复
-
某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路！
已经有5人回复
-
26/27申博自荐
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有3人回复
-
揭秘青基评审内幕：几个A才能顺利中标
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 计算O原子出错，请帮忙看一下
已经有4人回复
- lammps求助：计算含有不同原子体系的热导率的in文件该怎么修改
已经有7人回复
- vasp计算单个氧原子和分子的能量
已经有20人回复
- 求助啊，SCI修稿后一月有余，询问编辑，给了一封回信，大家帮忙看一下是什么意思啊
已经有24人回复
- 【求助】单晶的X衍射-确定绝对构型-是否一定要有重原子！！
已经有7人回复
- 【求助】在结构中想让N原子带一个电荷该怎么设置？
已经有4人回复
- 【求助】N原子的能量计算
已经有6人回复
- 【求助/交流】原子吸收分光光度法测重金属含量
已经有10人回复
- 【求助】我是新手 求大家帮忙告诉元素的原子或离子半径如何找到
已经有7人回复
- 【求助】如何计算一个原子的能量
已经有10人回复
- 【求助】原子吸收测定矿石中的钾和钠，怎么也做不好？
已经有5人回复
- 【求助】如何判断一个原子在原包内部
已经有4人回复
- 【求助】单原子的总能量怎么算？
已经有37人回复
wtianxing
银虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 296.6
- 帖子: 86
- 在线: 72.6小时
- 虫号: 438680
- 注册: 2007-09-27
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2012-08-10 08:55:36
10