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xiaoliuer

金虫 (小有名气)

[求助] 审稿意见关于晶体结构问题求助,在线等

文章审稿意见回来了,审稿人提了几个关于晶体数据的问题,请问该怎么改?
1  many reported and calculated angles do not match at all。
2  In any case, both of your structures have large voids, and the use of SQUEEZE is not reported   in the cif file in the customary way by including the cif loop resulting from the SQUEEZE process. This must be included, and must contain the number and nature of the squeezed-out entities (I would also welcome a note about this in the _refine_special_details section). Currently, there is also no mention of the use of SQUEEZE in the main paper.
3 The number of restraints is reported as 8, but no details about these restraints were given in the _refine_special_details section of the cif file. This information can also be provided by making use of the restraint CIF dictionary items.
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+2, 感谢参与交流,解答的很详细,希望对楼主有帮助 2012-08-03 23:16:36
xiaoliuer: 金币+50, ★★★很有帮助, 谢谢! 2012-08-04 17:12:08
1. 你的很多report的键角和计算的不一样。 可能是你做了什么限制导致的。

2. 你的结构中存在空隙, 可能有溶剂分子,而且你没有说明有没有用SQUEEZE。如果用了,把详细信息写到cif里面。 (去虫子上搜How to use squeeze).

3. 你report了8个限制, 但是你没有具体说明都是什么限制, 比如键长或者坐标什么的。
学无止境
2楼2012-08-03 23:08:53
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xiaoliuer

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by cluster8676 at 2012-08-03 23:08:53
1. 你的很多report的键角和计算的不一样。 可能是你做了什么限制导致的。

2. 你的结构中存在空隙, 可能有溶剂分子,而且你没有说明有没有用SQUEEZE。如果用了,把详细信息写到cif里面。 (去虫子上搜How to use ...

非常感谢你的解答。不过我水平有限,有些地方理解不了,可否详细一点?
1和3问题,我怎样在cif文件中列出我做的限制呢?
3楼2012-08-04 09:32:06
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by xiaoliuer at 2012-08-03 20:32:06
非常感谢你的解答。不过我水平有限,有些地方理解不了,可否详细一点?
1和3问题,我怎样在cif文件中列出我做的限制呢?...

应该在_refine_special_details下面说明, 包括SQUEEZE也在这里说明
学无止境
4楼2012-08-04 10:03:39
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xiaoliuer

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by cluster8676 at 2012-08-04 10:03:39
应该在_refine_special_details下面说明, 包括SQUEEZE也在这里说明...

_refine_special_details
;
Refinement of F^2^ against ALL reflections.  The weighted R-factor wR and
goodness of fit S are based on F^2^, conventional R-factors R are based
on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression of
F^2^ > 2sigma(F^2^) is used only for calculating R-factors(gt) etc. and is
not relevant to the choice of reflections for refinement.  R-factors based
on F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and R-
factors based on ALL data will be even larger.
是加在这些下面是吗?
dfix 1.56 0.02 c22 c21
dfix 1.45 0.02 c22 c23我直接把这样的限制加下面就可以是吗?
5楼2012-08-04 10:38:33
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cluster8676

至尊木虫 (著名写手)

你应该说的具体一点,比如 The bond distance between C21 and C22 was fixed to be 1.56(2).
学无止境
6楼2012-08-05 09:39:22
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