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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Shell&Perl » perl程序求大神加以修改~~
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求大神加以修改~~

现在有个文件夹TOTAL，该文件夹内有两个文件分别是a.txt和b.txt（见附件），我现在想生成这样的结果：
                  a.txt        b.txt（这一行可没有）
Os02t0249600-01        6236.420821        19861.20539
Os02t0242600-01                                      6550.062
Os03t0427300-01        7423.620595        26454.94742
Os01t0762500-00        5592.607026        31007.32272
第二行空格的意思是因为Os02t0242600-01在文件a.txt内没有对应的相，所以就空着！我现在写了一个程序，如下：
@gbk = glob('TOTAL/*');       
for($n=0;$n<=@gbk;$n++){
        open(input,"$gbk[$n]";       
        while(my $line={
     my @tmp=split("\t",$line);
     my $key = $tmp[0];  
     my $value = $tmp[4];  
     if (exists $hash{$key}){  
         $hash{$key} = $hash{$key}."\t".$value;  
     }else{
         $hash{$key} = $value;  
     }   
}
}       

delete $hash{GeneID};               
while(my($key,$value)=each %hash){
        print "$key\t$value\n";
}
生成的结果是这样的：
Os02t0249600-01        6236.420821        19861.20539
Os02t0242600-01        6550.062
Os03t0427300-01        7423.620595        26454.94742
Os01t0762500-00        5592.607026        31007.32272
也就是无法生成空格，第二行的6550.062应该在19861.20539这一列，请大神在我的 程序的基础上加以修改或者另写程序以实现我想要的结果，谢谢了~~~
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1楼2012-07-27 00:16:28
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xzhdty: 金币+1, 谢谢参与 2012-07-28 00:01:13
xiezhancnu: 金币+5 2012-08-11 09:35:09
use strict;
#use Data:umper;
opendir DIR, "total";
my @files = readdir DIR;
closedir DIR;
my %hash;
#store all data into a big hash
foreach my $file(@files){
        next unless ($file=~/\.txt$/);#only deal with text file
        &dealOneFile($file);
}
#print Dumper(%hash);

#find the union set of all keys from all files
my %key;
my @doneFiles = keys %hash;
@doneFiles = sort {$a cmp $b} @doneFiles;#sort the file namess
foreach my $tmp(@doneFiles){
        my %oneFile = %{$hash{$tmp}};
#        print Dumper(%oneFile);       
        foreach (keys %oneFile){
                $key{$_}++
        }
}
#print Dumper(%key);

#print header
$"="\t";
print "file\t@doneFiles\n";
#print content
foreach my $key(keys %key){
        print "$key";
        foreach my $file(@doneFiles){
                print "\t";
                print "$hash{$file}{$key}" if (exists $hash{$file}{$key});
        }
        print "\n";
}

sub dealOneFile{
        my $filename = "$_[0]";
        open IN,"total/$filename";
        ; #remove header
        while(my $line={
                chomp($line);
                my ($key,$a,$b,$c,$value) = split("\t",$line);
                $hash{$_[0]}{$key}=$value;
        }
}
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2楼2012-07-27 03:12:23
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zhusheng303

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有以个问题要问你？
你在处理这个事，最终是不是只有这两文件？
如果是，解决办法如下，
while(my $line={
     my @tmp=split("\t",$line);
     my $key = $tmp[0];  
     my $value = $tmp[4];  
     if (exists $hash{$key}){  
         $hash{$key} = $hash{$key}."\t".$value;  
     }else{
         $hash{$key} = “". "\t" .$value;  ####或者写成 “$hash{$key} = “-". "\t" .$value”,用“-”表示缺失数据
     }
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积极面对
3楼2012-07-27 08:58:57
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zhusheng303

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果超过3个文件，解决方法如下，
@gbk = glob('TOTAL/*');
my $hash; ##### 构建一个hash变量     
for($n=0;$n<=@gbk;$n++){
        open(input,"$gbk[$n]";        
        while(my $line={
                 my @tmp=split("\t",$line);
                 my $key = $tmp[0];  
                 my $value = $tmp[4];  
                 next if（$key eq "GeneID";  #### 不记录“GeneID”这一行
                 $hash->{$key}{$n} = $value;  #### 每一个文件一个值
      }
}
my $fileNum=$#gbk;
foreach my $key (keys %{$hash}){
            print "$key";
            foreach my $i (0..$fileNum){
                       if(exists $hash->{$key}{$i}){
                                print "\t$$hash->{$key}{$i}";
                        }else{
                                print "\t";
                         }         
            }
            print "\n";

}
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积极面对
4楼2012-07-27 09:26:47
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-07-27 09:26:47
如果超过3个文件，解决方法如下，
@gbk = glob('TOTAL/*');
my $hash; ##### 构建一个hash变量     
for($n=0;$n<=@gbk;$n++){
        open(input,"$gbk";        
        while(my $line=< ...

跑不通啊，你试试！！
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5楼2012-07-27 10:18:20
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zhusheng303

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
xzhdty: 金币+1, 谢谢 2012-07-28 00:00:57
我写了一个完整的perl脚本，具体见“parseFile.pl”（http://good.gd/2155638.htm），测试的结果见“结果.bmp”（http://good.gd/2155640.htm）
"第二行空格的意思是因为Os02t0242600-01在文件a.txt内没有对应的相",你说a文件中没有“Os02t0242600-01”这行，但是，其实是有的，见图“文件a.bmp”（http://good.gd/2155643.htm）。
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xiezhancnu
积极面对
6楼2012-07-27 13:38:37
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by xiezhancnu at 2012-07-27 10:18:20
跑不通啊，你试试！！...

Have you tried my codes which can also allow multiple file processing? The commented-out print statements allow you to check the middle result.
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7楼2012-07-27 23:28:31
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-07-27 08:58:57
有以个问题要问你？
你在处理这个事，最终是不是只有这两文件？
如果是，解决办法如下，
while(my $line=<input>{
     my @tmp=split("\t",$line);
     my $key = $tmp;  
     my $valu ...

有很多文件的！
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8楼2012-07-28 22:09:12
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xiezhancnu

木虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhusheng303 at 2012-07-27 13:38:37
我写了一个完整的perl脚本，具体见“parseFile.pl”（http://good.gd/2155638.htm），测试的结果见“结果.bmp”（http://good.gd/2155640.htm）
"第二行空格的意思是因为Os02t0242600-01在文件a.txt内没有对应 ...

你好，呵呵，我之前把文件弄错了，呵呵，a文件，b文件的名字弄颠倒了，呵呵，另外a、b文件只是测试文件，总共有七个文件的，呵呵，我还没测试一下您的程序是否能跑通，送您鲜花一朵吧，呵呵，这样的话生成结果是这样的：
Os02t0249600-01        6236.420821        19861.20539
Os02t0242600-01                                    6550.062
Os03t0427300-01        7423.620595        26454.94742
Os01t0762500-00        5592.607026        31007.32272
这样也许您就不觉得奇怪了吧！
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9楼2012-07-28 22:28:11
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