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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于外显子拼接时顺序是否可能颠倒的问题 高手指教
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chchqq

银虫 (小有名气)

[交流] 关于外显子拼接时顺序是否可能颠倒的问题 高手指教

[color=Green]最近RT-pcr扩一个基因，测序后发现比NCBI 上的mRNA多出了一个片段， 与基因组对比，发现了有三个新的外显子。但是，第二个外显子在染色体上的位置位于第一和第三外显子的上游，即这三个外显子在mRNA上的顺序同其在基因组上的顺序不一致，真是奇怪！！  而且，三个外显子均>15bp , 特异性足够了。请问同仁们，有没有遇到这种情况的啊？ 这如何解释好啊？
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1楼 2012-07-26 11:36:59
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yingyangyang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
chchqq(金币+1): 谢谢参与
chchqq: 金币+2, 外显子移位 第一次听说 谢谢了 2012-07-27 20:23:33
最近听了一个关于测序分析的讲座，我猜测有可能你这个属于外显子移位（异位）情况。  也就是说有可能你的基因在转录时，1.2.3 号外显子不是按照正常的1.2.3的顺序排列，而是3号异位到了1.2前面，形成了3.1.2的情况，异位的情况是存在，你可以查查有关文章文献做个深入了解。 对于这个发现或许是个很不错的研究点，你可以做点深入分析和研究，或许可以发现一些这种异位是否带来一些新性状再加以验证，或许能发表篇好文章呢！
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2楼2012-07-27 12:37:29
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shizy1988

捐助贵宾 (初入文坛)
★
chchqq(金币+1): 谢谢参与
1.我建议做几个重复，或者是几十个样品一起做直接做几个PCR，然后直接测序，看看是不是有你实验中出现的多态性。如果有，证明你那个结果是可靠的。
2.如果结果可靠。我觉得这可能一个基因序列，通过不同的剪切机制，形成不同的功能蛋白。这样你就可以往深层次的做了，到底是什么样的剪切机制导致的？？还是由于物种特异性？？等等。
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3楼2013-03-13 21:44:06
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