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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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chchqq

银虫 (小有名气)


[交流] 关于外显子拼接时顺序是否可能颠倒的问题 高手指教

[color=Green]最近RT-pcr扩一个基因,测序后发现比NCBI 上的mRNA多出了一个片段, 与基因组对比,发现了有三个新的外显子。但是,第二个外显子在染色体上的位置位于第一和第三外显子的上游,即这三个外显子在mRNA上的顺序同其在基因组上的顺序不一致,真是奇怪!!  而且,三个外显子均>15bp , 特异性足够了。请问同仁们,有没有遇到这种情况的啊? 这如何解释好啊?
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yingyangyang

木虫 (正式写手)


★ ★ ★
chchqq(金币+1): 谢谢参与
chchqq: 金币+2, 外显子移位 第一次听说 谢谢了 2012-07-27 20:23:33
最近听了一个关于测序分析的讲座,我猜测有可能你这个属于外显子移位(异位)情况。  也就是说有可能你的基因在转录时,1.2.3 号外显子不是按照正常的1.2.3的顺序排列,而是3号异位到了1.2前面,形成了3.1.2的情况,异位的情况是存在,你可以查查有关文章文献做个深入了解。 对于这个发现或许是个很不错的研究点,你可以做点深入分析和研究,或许可以发现一些这种异位是否带来一些新性状再加以验证,或许能发表篇好文章呢!
2楼2012-07-27 12:37:29
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shizy1988

捐助贵宾 (初入文坛)



chchqq(金币+1): 谢谢参与
1.我建议做几个重复,或者是几十个样品一起做直接做几个PCR,然后直接测序,看看是不是有你实验中出现的多态性。如果有,证明你那个结果是可靠的。
2.如果结果可靠。我觉得这可能一个基因序列,通过不同的剪切机制,形成不同的功能蛋白。这样你就可以往深层次的做了,到底是什么样的剪切机制导致的??还是由于物种特异性??等等。
3楼2013-03-13 21:44:06
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