应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面
91/1返回列表
查看: 1874  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面

请问，能否使用VMD将一蛋白复合物的结合界面选取出来，得到它们的结合位点？还是可以使用其他什么工具可以得到呀？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-24 16:01:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 17:30:57
you can use Pymol.
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-24 17:13:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名
本帖仅楼主可见
3楼2012-07-24 17:36:49
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 17:13:43
you can use Pymol.

Can you give me some tutorial?
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-24 18:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 21:18:53
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-07-26 15:17:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhongshun at 2012-07-24 18:21:06
Can you give me some tutorial?...

俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-24 20:19:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 20:19:08
俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html...

呵呵，我看看先哈
回复此楼
6楼2012-07-24 20:45:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
我还是没找到相关的那部分内容呀，能具体指明在哪或是大概说一下步骤吗？  感觉Pymol比vmd难呀
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-24 21:42:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-01 20:23:34
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-01 12:17:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:17:06
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定

within 语句怎么用在选取两个蛋白的结合界面上呀
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-12 19:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhongshun 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-09 01:42 by l48hFd8Nwae2
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 11/550 2026-11-09 01:35 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 23/1150 2026-11-07 06:49 by Equinoxhua
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +10 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 22/1100 2026-11-06 17:18 by 5sJFDKp2kwuI
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 14/700 2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 15/750 2026-11-06 13:49 by BkA9Bi5cMhkD
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 17/850 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 14/700 2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 18/900 2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 10/500 2026-11-06 12:32 by BkA9Bi5cMhkD
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05 5/250 2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 12/600 2026-11-06 05:32 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 kvewwGtKktqB 2026-11-04 11/550 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 8/400 2026-11-06 02:24 by qL1cU46YIdK0
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04 9/450 2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 ncTVBM6AOJHF 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭