应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面
91/1返回列表
查看: 1581  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面

请问，能否使用VMD将一蛋白复合物的结合界面选取出来，得到它们的结合位点？还是可以使用其他什么工具可以得到呀？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2012-07-24 16:01:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 17:30:57
you can use Pymol.
赞一下 回复此楼
2楼2012-07-24 17:13:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名
本帖仅楼主可见
3楼2012-07-24 17:36:49
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 17:13:43
you can use Pymol.

Can you give me some tutorial?
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-24 18:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 21:18:53
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-07-26 15:17:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhongshun at 2012-07-24 18:21:06
Can you give me some tutorial?...

俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html
赞一下 回复此楼
5楼2012-07-24 20:19:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 20:19:08
俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html...

呵呵，我看看先哈
回复此楼
6楼2012-07-24 20:45:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
我还是没找到相关的那部分内容呀，能具体指明在哪或是大概说一下步骤吗？  感觉Pymol比vmd难呀
赞一下 回复此楼
7楼2012-07-24 21:42:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zmz148002989

新虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-01 20:23:34
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定
赞一下 回复此楼
8楼2012-08-01 12:17:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:17:06
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定

within 语句怎么用在选取两个蛋白的结合界面上呀
赞一下 回复此楼
9楼2012-08-12 19:50:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhongshun 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +16 张zic 2026-04-05 17/850 2026-04-12 11:01 by zhouwenxian
[考研] 电子信息270求调剂 +15 terminal469 2026-04-07 15/750 2026-04-12 09:44 by 逆水乘风
[考研] 材料与化工300求调剂 +39 肖开文 2026-04-09 43/2150 2026-04-12 01:30 by 秋豆菜芽
[考研] 296求调剂 +14 汪！？！ 2026-04-08 15/750 2026-04-11 20:28 by dongdian1
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂，一志愿大连理工大学354分 +5 雨声余生 2026-04-11 6/300 2026-04-11 16:12 by 雨声余生
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550， 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 机械专368 有去处吗 +4 种大树 2026-04-10 4/200 2026-04-10 15:31 by jiajinhpu
[考研] 一志愿中科大070300化学，314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考研] 本科西工大 0856 324求调剂 +10 wysyjs25 2026-04-09 11/550 2026-04-10 08:37 by 5268321
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 298求调剂 +4 manman511 2026-04-05 4/200 2026-04-08 16:50 by tjzhao
[考研] 0703调剂，一志愿天津大学319分 +23 haaaabcd 2026-04-05 26/1300 2026-04-08 16:19 by luoyongfeng
[考研] 304求调剂 +16 c297914 2026-04-05 17/850 2026-04-08 13:00 by grayjzr
[考研] 22408 318分求调剂 +4 勤奋的小笼包 2026-04-06 6/300 2026-04-07 15:05 by 纸鹤555
[考研] 调剂 +4 mcbbc 2026-04-06 5/250 2026-04-07 12:33 by upczlm1989
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 考研调剂生寻找导师 +3 顾瞻考研啊 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:18 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭