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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 急问，怎么得到蛋白复合物中的蛋白和配体的结合界面

请问，能否使用VMD将一蛋白复合物的结合界面选取出来，得到它们的结合位点？还是可以使用其他什么工具可以得到呀？
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1楼 2012-07-24 16:01:05
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 17:30:57
you can use Pymol.
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2楼2012-07-24 17:13:43
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匿名
本帖仅楼主可见
3楼2012-07-24 17:36:49
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 17:13:43
you can use Pymol.

Can you give me some tutorial?
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4楼2012-07-24 18:21:06
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-07-24 21:18:53
zhongshun: 金币+30, ★★★★★最佳答案 2012-07-26 15:17:15
引用回帖:
4楼: Originally posted by zhongshun at 2012-07-24 18:21:06
Can you give me some tutorial?...

俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html
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5楼2012-07-24 20:19:08
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-07-24 20:19:08
俺当时在linux下，不方便打中文~哈哈~pymol很简单的~~~教程可以看这里http://wenku.baidu.com/view/483b70fa0242a8956bece41f.html...

呵呵，我看看先哈
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6楼2012-07-24 20:45:50
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
我还是没找到相关的那部分内容呀，能具体指明在哪或是大概说一下步骤吗？  感觉Pymol比vmd难呀
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7楼2012-07-24 21:42:20
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zmz148002989

新虫 (初入文坛)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-08-01 20:23:34
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定
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8楼2012-08-01 12:17:06
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zhongshun

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zmz148002989 at 2012-08-01 12:17:06
VMD 也很简单啊，提取出来报存成PDB文件就可以了啊。 within 语句和writepdb 两个语句就可以轻松搞定

within 语句怎么用在选取两个蛋白的结合界面上呀
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9楼2012-08-12 19:50:45
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