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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改
汕头大学海洋科学接受调剂
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

[求助] 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改

ps ---越详细越好
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ritayaya

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1楼 2012-07-21 09:19:11
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金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-24 09:39:23
abigrabbit: 金币+20, ★★★很有帮助, 有点模糊 2012-07-24 11:00:09
首先确定要用什么力场，联合的还是全原子的。联合力场到prodrg网页上获得拓扑文件。全原子力场使用x2top命令获得，但是itp文件的里的参数都不可靠，使用的时候有可能导致不给算。需要从文献上或者自己算力场参数，拿x2top产生的框架修改参数。不愿意一行行的改，就编个程序修改
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4楼2012-07-23 18:58:53
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烟草小菜蛾
2楼2012-07-21 13:29:50
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ritayaya
送鲜花一朵
3楼2012-07-21 13:30:36
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢
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5楼2013-07-14 12:33:39
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