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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)

[求助] 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改

ps ---越详细越好
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ritayaya

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1楼 2012-07-21 09:19:11
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烟草小菜蛾
2楼2012-07-21 13:29:50
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ritayaya
送鲜花一朵
3楼2012-07-21 13:30:36
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visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-24 09:39:23
abigrabbit: 金币+20, ★★★很有帮助, 有点模糊 2012-07-24 11:00:09
首先确定要用什么力场，联合的还是全原子的。联合力场到prodrg网页上获得拓扑文件。全原子力场使用x2top命令获得，但是itp文件的里的参数都不可靠，使用的时候有可能导致不给算。需要从文献上或者自己算力场参数，拿x2top产生的框架修改参数。不愿意一行行的改，就编个程序修改
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4楼2012-07-23 18:58:53
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢
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5楼2013-07-14 12:33:39
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abigrabbit

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-14 12:33:39
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢

1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;
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6楼2013-07-16 13:22:50
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huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abigrabbit at 2013-07-16 13:22:50
1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;...

十分感谢哈
不过我看的文献中没有看到过有溶剂的，我想在gromacs中模拟时用乙腈溶剂而不是它自带的水溶剂，我已经从prodrg中得到乙腈的gro和itp了，不过接下来我怎么处理才能像用水溶剂一样用乙腈来溶解我的体系呢 您能不能帮个忙稍微详细点 谢谢了
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7楼2013-07-16 19:50:05
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