应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改
汕头大学海洋科学接受调剂
71/1返回列表
查看: 1382  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

abigrabbit

金虫 (初入文坛)

[求助] 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改

ps ---越详细越好
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ritayaya

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-07-21 09:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

烟草小菜蛾
2楼2012-07-21 13:29:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ritayaya
送鲜花一朵
3楼2012-07-21 13:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-24 09:39:23
abigrabbit: 金币+20, ★★★很有帮助, 有点模糊 2012-07-24 11:00:09
首先确定要用什么力场，联合的还是全原子的。联合力场到prodrg网页上获得拓扑文件。全原子力场使用x2top命令获得，但是itp文件的里的参数都不可靠，使用的时候有可能导致不给算。需要从文献上或者自己算力场参数，拿x2top产生的框架修改参数。不愿意一行行的改，就编个程序修改
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-23 18:58:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-14 12:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abigrabbit

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-14 12:33:39
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢

1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-16 13:22:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abigrabbit at 2013-07-16 13:22:50
1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;...

十分感谢哈
不过我看的文献中没有看到过有溶剂的，我想在gromacs中模拟时用乙腈溶剂而不是它自带的水溶剂，我已经从prodrg中得到乙腈的gro和itp了，不过接下来我怎么处理才能像用水溶剂一样用乙腈来溶解我的体系呢 您能不能帮个忙稍微详细点 谢谢了
赞一下 回复此楼
7楼2013-07-16 19:50:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 abigrabbit 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 273求调剂 +4 白居不易. 2026-04-09 6/300 2026-04-14 19:54 by 逆水乘风
[考研] 327求调剂 +23 Xxjc1107. 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 18:48 by 逍遥三郎
[考研] 085600材料与化工329分求调剂 +24 叶zilin 2026-04-13 25/1250 2026-04-14 09:20 by 试管破裂
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +11 babu2015 2026-04-08 11/550 2026-04-13 16:33 by probebill
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 314求调剂 +24 wakeluofu 2026-04-09 25/1250 2026-04-13 08:58 by lhj2009
[考研] 295分求调剂 +13 ?要上岸? 2026-04-10 13/650 2026-04-12 15:37 by laoshidan
[考研] 280求调剂 +7 兮兮夜夜 2026-04-09 10/500 2026-04-12 00:33 by 蓝云思雨
[考研] 267求调剂 +8 再忙也要吃饭啊 2026-04-09 8/400 2026-04-11 21:42 by cfdbai
[考研] 303求调剂 +14 SereinQ 2026-04-10 15/750 2026-04-11 20:43 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +6 青灯不负 2026-04-09 6/300 2026-04-11 20:35 by dongdian1
[考研] 346，工科0854求调剂，专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 材料与化工调剂 +12 否极泰来2026 2026-04-10 13/650 2026-04-11 00:28 by wangjihu
[考研] 0858求调剂 5+5 Gky09300550， 2026-04-10 8/400 2026-04-10 19:13 by chemisry
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 一志愿沪9，326生物学求相关专业调剂 +4 刘墨墨 2026-04-09 4/200 2026-04-10 12:07 by pengliang8036
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 085601初试330分找调剂 +10 流心奶黄包l 2026-04-09 10/500 2026-04-10 08:14 by Sammy2
[考研] 化学工程与技术专业一志愿哈工程 291分B区 国家级大创负责人 有一作论文 +13 Emmy~ 2026-04-09 13/650 2026-04-09 14:47 by only周
[考研] 086000生物与医药调剂 +7 awwwwwooooo 2026-04-09 7/350 2026-04-09 13:31 by 北极159263
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭