应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改
71/1返回列表
查看: 1387  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

abigrabbit

金虫 (初入文坛)

[求助] 求大神指导GMX，有机溶剂分子参数的编写，和模拟一些重要地方修改

ps ---越详细越好
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ritayaya

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2012-07-21 09:19:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

烟草小菜蛾
2楼2012-07-21 13:29:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ritayaya
送鲜花一朵
3楼2012-07-21 13:30:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-07-24 09:39:23
abigrabbit: 金币+20, ★★★很有帮助, 有点模糊 2012-07-24 11:00:09
首先确定要用什么力场，联合的还是全原子的。联合力场到prodrg网页上获得拓扑文件。全原子力场使用x2top命令获得，但是itp文件的里的参数都不可靠，使用的时候有可能导致不给算。需要从文献上或者自己算力场参数，拿x2top产生的框架修改参数。不愿意一行行的改，就编个程序修改
赞一下 回复此楼
4楼2012-07-23 18:58:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢
赞一下 回复此楼
5楼2013-07-14 12:33:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abigrabbit

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by huyingdamon at 2013-07-14 12:33:39
楼主现在应该知道怎么获得有机溶剂的参数文件了吧，能教我下吗 感激不尽了 谢谢

1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;
赞一下 回复此楼
6楼2013-07-16 13:22:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huyingdamon

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by abigrabbit at 2013-07-16 13:22:50
1. 通过已有的文献报道查询自己所要的体系；
2. 高斯可以拟合力场；
3. 用在线服务器生成prodrg;...

十分感谢哈
不过我看的文献中没有看到过有溶剂的，我想在gromacs中模拟时用乙腈溶剂而不是它自带的水溶剂，我已经从prodrg中得到乙腈的gro和itp了，不过接下来我怎么处理才能像用水溶剂一样用乙腈来溶解我的体系呢 您能不能帮个忙稍微详细点 谢谢了
赞一下 回复此楼
7楼2013-07-16 19:50:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 abigrabbit 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 急需调剂 +7 绝不放弃22 2026-04-15 8/400 2026-04-17 23:54 by 绝不放弃22
[考博] 求博导｜生物质基多孔碳/超级电容方向，已有相关成果，寻能源材料/碳材料方向老师 +3 猪猪人Zzz 2026-04-12 3/150 2026-04-17 19:10 by 阳阳阳^_^
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀，最好在一个月之内的，研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[考研] 22专硕求调剂 +10 haoyun上岸 2026-04-11 12/600 2026-04-16 22:21 by 猪会飞
[考研] 22408 312求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-14 25/1250 2026-04-16 21:21 by Art1977
[考研] 一志愿沪9，生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考研] 307中医考研调剂 +6 于以采蘩 2026-04-14 6/300 2026-04-16 16:20 by qingfeng258
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[基金申请] RY：中国产出的科学垃圾论文，绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 290调剂生物0860 +38 哇哈哈，。 2026-04-11 44/2200 2026-04-16 09:52 by cuisz
[考研] 一志愿A区211，22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 求助调剂，跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 271求调剂 +35 2261744733 2026-04-11 41/2050 2026-04-14 15:36 by zs92450
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 0831一轮调剂失败求助 +10 小熊睿睿_s 2026-04-11 10/500 2026-04-12 22:43 by 长弓傲
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭