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铜虫 (正式写手)

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[交流] 蛋白质分析常用软件

蛋白质分析常用软件

AnthePro 5.0 1.9兆，蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。 ,ddoII
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  分析蛋白序列所需要的Prosite蛋白数据库 1.4兆与Swiss-Prot蛋白数据库41版，85.7兆左右，压缩格式。下载后，将其放置在ANTHEPROT 5.0同一个目录，便可在本地使用程序的检索功能。 Nj p?/r
  中文使用介绍 122K,希望对大家的使用有所帮助。原始网站。 %I`%N2ss
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PSAAM 390 K, 蛋白质序列分析软件包。原始网址。 j96\({;k
VHMPT 760K，VHMPT（Viewer and editor for Helical Membrane Protein Topologies）是螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件，可以自动生成带有跨膜螺旋的蛋白的示意性2维拓扑结构，并可对拓扑结构进行交互编辑。由台湾生物医学科学研究所的黄明经博士编制。安装Tcl 8.0 (7M)方可运行。原始网站。 `;v5o4.`
WinPep3.01 1.5M，分析蛋白序列的工具软件。拥有一些常用的蛋白序列分析功能。原始网站。 NB#-W4NA
MPEx 2.2a 2.2M，（Membrane Protein Explorer）研究膜蛋白拓扑学结构和其它特性的JAVA软件。软件可以很方便地使用膜蛋白拓扑结构数据库MPtopo,（a database of Membrane Protein topology）。需要JAVA运行环境。原始网站。 Izr_]%
Osprey 1.2.0 21.9M，蛋白质相互作用网络可视化系统。是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。软件本身和(BIND,GRID)数据库整合，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接。使用手册，4.7M，PDF格式。原始网站。 /+g)J0u
PIN 2.0 7.6M，（protein-protein Interaction Networks）的简称，显示蛋白质交互作用网络和功能注释软件。软件中包括酵母蛋白交互作用数据。软件作者是中科院计算所。原始网站。 Uh=@8v
InterViewer 4.0 760K。显示和分析蛋白交互作用软件，据其网站介绍，运行速度比其他软件快许多。原始网站。 3Lw&HtH
Fiter 1.0 180K，本免费中文软件可以对蛋白质的MALDI-TOF分析结果数据（其它数据作者未做测试）进行角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰的滤除，也可对自定义任意数据进行滤除。角蛋白、牛胰蛋白和猪胰蛋白自切峰由NCBA提供。由作者杨亮和霍晨敏授权生物软件网发布。软件运行需要先安装微软的.net framework，23M。简单使用说明，200K。 wM aqR"%
GPMAW 6.0 DEMO 3.2M，General Protein/Mass Analysis for Windows的缩写，蛋白质质谱与序列分析软件。可全功能免费用30次，主要用于蛋白与多肽的质谱分析，也具有其他蛋白序列分析功能，如比对、二级结构分析等等。注册费用280美元。原始网站。 U?.cbB ,
STORM 1.01 24M 可以同时对蛋白序列进行BLAST/FASTA/Pfam/ProtParam分析软件，并将结果输出

[ Last edited by sunbuct on 2008-9-24 at 14:59 ]

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