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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 课题求助。求助。分子生物学
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fengyunqb

新虫 (小有名气)

[求助] 课题求助。求助。分子生物学

求助求助。。现在我在写自己的课题计划，找不到方向感。我的课题是这样的：我是想克隆鱼类一种基因。这个基因在哺乳动物NCBI已经有确定的基因序列，而鱼类只有斑马鱼、罗非鱼的预测序列，前面有PREDICTED字样。方案一：直接用它自己设计引物克隆斑马鱼的那个预测序列；方案二：改成另外一种鱼，用哺乳动物已知的和鱼类预测的多序列比对寻找保守区设计兼并引物扩增然后RACE，我怕前一种方法不靠谱，后一种方法难度太大，出不来结果。谢谢指点迷津。万分感谢。
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1楼2012-07-15 16:30:23
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by fengyunqb at 2012-07-16 14:06:27
非常感谢你的建议，我现在摸索初期，你的只言片语也会给我带来莫大的帮助，谢谢。没多少金币。

我选做鲫鱼的，因为鲫鱼这个基因没人做过。斑马鱼不好买并且他的那个基因NCBI里面有预测的，即使我克隆成功 ...

如果斑马鱼中该基因功能只是预测，而你把他功能试验搞清楚了，文章档次比鲫鱼的高一个层次，毕竟是模式生物。
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9楼2012-07-16 14:09:07
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普通回帖

克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我怕前一种方法不靠谱?何以见得？你可以验证下predicted ，是否是全长.这方案比你第一种方法更加简单易行.
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2楼2012-07-15 18:22:32
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 克隆大虾 at 2012-07-15 18:22:32
我怕前一种方法不靠谱?何以见得？你可以验证下predicted ，是否是全长.这方案比你第一种方法更加简单易行.

恩，你的意思是我可以克隆斑马鱼这个预测的基因，克隆出来测序再拿回去比较验证一下吗？如果对了然后再做这个基因表达、功能等。。我的想法是能这样做固然很好，工作量轻松多了。就怕没什么创新，如果克隆鲫鱼的完全未知的呢复杂得多，未知因素也很多。不知道该如何着手实验。谢谢你的关注，你的只言片语对我来说也是莫大的帮助。
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3楼2012-07-15 19:25:32
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 克隆大虾 at 2012-07-15 18:22:32
我怕前一种方法不靠谱?何以见得？你可以验证下predicted ，是否是全长.这方案比你第一种方法更加简单易行.

如果直接克隆斑马鱼那个预测基因的话。万一NCBI里面预测的那个基因是错的，我不是白费功夫了。纠结。
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4楼2012-07-15 19:27:42
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克隆大虾

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小丹木木: 金币+2, 鼓励交流 2012-07-16 13:50:49
fengyunqb: 金币+1, ★★★★★最佳答案 2012-09-11 11:09:42
把斑马鱼里所有该基因的候选基因都拿出来分析。预测的是错的？很有可能说明斑马鱼没有该类基因。其余的conserved domain不相关的更不可能是你的基因。鲫鱼的和斑马鱼的比有什么创新性吗？
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fengyunqb
5楼2012-07-15 20:14:25
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547star

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
建议写模糊点,因为你不确定哪种方法可以得到,说不定最后要做cDNA文库,写太死,难做下去.
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为什么
6楼2012-07-16 11:19:20
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 克隆大虾 at 2012-07-15 20:14:25
把斑马鱼里所有该基因的候选基因都拿出来分析。预测的是错的？很有可能说明斑马鱼没有该类基因。其余的conserved domain不相关的更不可能是你的基因。鲫鱼的和斑马鱼的比有什么创新性吗？

非常感谢你的建议，我现在摸索初期，你的只言片语也会给我带来莫大的帮助，谢谢。没多少金币。

我选做鲫鱼的，因为鲫鱼这个基因没人做过。斑马鱼不好买并且他的那个基因NCBI里面有预测的，即使我克隆成功也只是证明NCBI里面是对的，是吗。所以决定做鲫鱼的。我把几种动物的这个基因，有确定的（哺乳动物的），也有预测的（鱼类的），放在一起比对了一下，发现高度保守区在中间，两端还行，但不是特别保守。设计兼并引物开始。希望一切顺利。谢谢你的指导。
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7楼2012-07-16 14:06:27
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 547star at 2012-07-16 11:19:20
建议写模糊点,因为你不确定哪种方法可以得到,说不定最后要做cDNA文库,写太死,难做下去.

恩，谢谢你的建议哦。
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8楼2012-07-16 14:06:44
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fengyunqb

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 克隆大虾 at 2012-07-16 14:09:07
如果斑马鱼中该基因功能只是预测，而你把他功能试验搞清楚了，文章档次比鲫鱼的高一个层次，毕竟是模式生物。...

你的建议很中肯，哎，导师都不鸟我，让自己摸索。本来实验室想研究这个基因表达的蛋白和一些药物的作用情况，但试了几次都没刻出来，可能不够专业，RACE-PCR也不靠谱，谢谢你的建议，我找人商量下。谢谢你哦。给我很大的帮助。
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10楼2012-07-16 14:17:35
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