24小时热门版块排行榜    

查看: 1950  |  回复: 16
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 氧化锌吸附染料的pwscf计算

我在对氧化锌吸附体系(8*8*6超晶格吸附染料)进行relax计算的时候,输出文件卡在开头一直没变,大家看看是什么问题啊,谢谢了。
输出文件结尾:不知道charge为什么会是负的。
     number of k points=     1
                       cart. coord. in units 2pi/alat
        k(    1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000), wk =   2.0000000

     Dense  grid: 17475363 G-vectors     FFT dimensions: ( 250, 250, 640)

     Smooth grid:  4421473 G-vectors     FFT dimensions: ( 160, 160, 400)

     Largest allocated arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Kohn-Sham Wavefunctions       706.11 Mb     (   8648, 5351)
        NL pseudopotentials          2054.32 Mb     (   8648,15568)
        Each V/rho on FFT grid          9.54 Mb     ( 625000)
        Each G-vector array             2.08 Mb     ( 273054)
        G-vector shells                 0.96 Mb     ( 125618)
     Largest temporary arrays     est. size (Mb)     dimensions
        Auxiliary wavefunctions      2824.43 Mb     (   8648,21404)
        Each subspace H/S matrix      279.52 Mb     (4280,4280)
        Each matrix   1271.12 Mb     (  15568, 5351)
        Arrays for rho mixing          76.29 Mb     ( 625000,   8)

     Initial potential from superposition of free atoms
     Check: negative starting charge=   -0.562288

     starting charge **********, renormalised to **********

     negative rho (up, down):  0.562E+00 0.000E+00
     Starting wfc are 6080 randomized atomic wfcs
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
11楼: Originally posted by souledge at 2012-07-13 12:34:45
你要知道,这个文章是PWscf的作者写的,虽然不清楚他们研究院所的机器状况,但是至少,在PWscf的用户手册上,他们给出的一个计算命令是:
2f/2e/941486_1342153940_773.png
虽然不清楚具体是仅仅给了个例子还是他 ...

厉害,pwscf的那些作者赚大了,发好多牛文章。看来我得换个思路了,拼不过他们。
12楼2012-07-13 12:53:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 17 个回答

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-07-14 19:22:55
是不是内存不够了呢?看样子你的任务没有几十G内存是不够的
2楼2012-07-13 09:34:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

goldenfisher

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-07-14 19:23:07
多少个原子?用了多少个核?几百个原子的话,没有100个cpu核就几乎算不动的。
3楼2012-07-13 10:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

frank_zhan

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
xueht987: 金币+1, 鼓励交流! 2012-07-14 19:23:24
不是CPU的问题,是内存远远不够。一般cluster都是一个CPU对应一定的内存,但是每个机器又有内存的上限。这相当于每个core需要接近8G的内存。你最好是试试256G内存的机器。同时也可以减小k点密度,减小ecutwfc,还有就是缩小cell的尺寸等等。
frank_zhan,zy2zhan@gmail.com
4楼2012-07-13 10:19:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见